Cドライブ

ただのディスクのクリーンアップだと、大してデータを削除することが出来ません。
システムファイルのクリーンアップを行う必用があります
ディスクのクリーンアップを行うと項目として出てきたりしますので

それでも、削除出来ないなら、CCleanerなどを使うことにより多少は項目としてあく場合があります

ただ、Windows VistaだとHDDが最低20GBだから、Cを20GBとかって切り方だと空き容量はなくなって当たり前です。
最低でも40GB以上を与えるようにしてください
パーティション変更ソフトなどで、パーティションサイズを変更するか、再びリカバリで、そのときにパーティションサイズを切り直してください。　なお、リカバリ時にパーティションサイズを切り直すと、すべてのパーティションが消えるので、Dも消えますので

ハードディスクをフォーマットしてからＯＳのＶｉｓｔａを入れて空き容量が少ない場合
ハードディスクにエラーが起きて書き込める場所が減ることもあるでしょうが

フォーマットしないと使用者からすとゴミとしてのファイルが残っているのかも

フォーマットが面倒ですがベストでは

ＣドライブとＤドライブを合計して何ＧＢあるパソコンでしょうか？
８０ＧＢ程度しかないのなら、ＤドライブはなくしてＣドライブのみ
の運用にしたほうがいいですね。
Ｄドライブに空き領域がたくさん残っているのなら、Ｄドライブの領域を
減らして、Ｃドライブの領域を増やすという方法があります。

フリーソフトもありますが、私の場合はトラブルになったら困るので
フリーソフトではやりません。

ＯＳ付属のディスク管理を使います。

破線以下の方法です。
まず、USB外付けハードディスクを用意します。
(1)Ｄドライブのデータを外付けのハードディスクにバックアップ（コピー）します。
(2)ディスク管理でＤドライブを削除します。
(3)その削除した領域を未割当領域にします。
(4)Ｃドライブの拡張します。
(5)残りの未割当領域を右クリックし、表示されたメニューから
　[新しいシンプル ボリューム] をクリックします。
(6)[シンプル ボリューム サイズ (MB)] の右側の入力欄で、任意の
　パーティションサイズを指定して、[次へ] をクリックします。
(7)[次のドライブ文字を割り当てる] にチェックを入れ、割り当て
ドライブ文字を確認し、[次へ] をクリックします。
（　以下は省略。）

最後に外付けのハードディスクにバックアップ（コピー）したデータを
Ｄドライブにコピーすればいいだけです。
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日立 サポート　Ｑ&Ａ
Ｄドライブのデータを待避して、ハードディスクの領域 (パーティション)を
再設定する方法 (Windows Vista)
http://prius.hitachi.co.jp/support/faq/150008.html