CHKDSKユーテリテーについて

コマンドプロンプト（管理者権限で実行）で、CHKDSKを実行すればよい

ただし、chkdskを実行したとしても、壊れたファイルを修復出来ません
エラーを修復することが出来ます。（ファイルを削除ってことで修正だったりします）

chkdsk　の詳細のオプションは、
chkdsk /? で表示出来ます

chkdsk /f
ぐらいでよいでしょう

rだと非常に長時間かかります