購入時の状態にリカバリーしたら、Dドライブが消えた

メーカーPCの場合、多くはHDDは１つです。
この中を分けでCドライブやDドライブ、リカバリー領域にしています。
リカバリーする際の設定やメーカーにもよりますがリカバリー領域を除いて綺麗さっぱりに消されて
購入時の状態になる場合もあるでしょう。
Dドライブが空っぽになったということはリカバリーの時にデータ（ドライブ）が削除されたのでしょう。

しょぼい回答で失礼、
日本語として、購入時の状態がＤもその中のデータもなかったのなら「正しく戻せた」ということになる
（なにが起きるか考えてからやるべき、と思う。）

Ｄドライブは、Ｃと同じハードディスクにあることもあるし別のこともある。
きついこと言って失礼、自分のパソコンにハードディスクがいくつあるのかぐらいは買うときに聞いておくべき。一つだろうとは思うけど。

落ち着いてください。

あなたのパソコンの機種やOSなどの情報、説明書のやり方がどういうものであったか、
質問を読む限りでは、見ている人には何に何をしたのか全くわかりません。

行った処理によってはDドライブのデータごとフォーマットしてしまった可能性もあるし、
Dドライブがドライブとして認識されていないだけの可能性もないとは言えません。

>あと、しょぼい質問ですが、CドライブとDドライブって記録してあるハードディスクは一緒なのでしょうか？それとも、ハードディスクが2つあるのでしょうか？

しょぼい質問だとは思いませんが、
それも機種や設定によってどちらの場合もあり得ます。
OSのバージョンなども書かないとそれらの調べ方も教えようがありません。

品番ぐらいは記載しましょう。
ここ5年ぐらいの富士通ならばトラブル診断ナビみたいなものがあって、そこからリカバリを行います。その際、ドライブの容量を指定する項目があるはずです。まあ、リカバリする時は、全データをバックアップするのは常識なんですがね