黒いウィンドウが一瞬出て消える現象

簡単な解釈として妥当かどうか不明ですが

プリンターの印刷待ちタスクのような感じ　プリンターのタスクに印刷ファイルが表示されているが　ファイルが壊れている　見つからない

レジストリーに記録されてtskhostとして実行されている　起動時のタスクなので複数のEXEをまとめて実行

この状態が壊れていると認識されてしまう場合があるのか不明で　すみません
でも　不要なウインドウが展開されているので壊れているとは考え難いと思います

タスクスケジューラ
http://windows.microsoft.com/ja-jp/windows/schedule-task#1TC=windows-7
で確認できるかも知れません　見つかっても対処法までは出てきませんが
ログを有効にすれば次回の起動時に残ります
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc721871.aspx

自己責任の領域になってしまいますが　ダメならクリーンインストールを覚悟になりますが
起動時に実行されるタスクスケジュールを作りなおしてみるとか　編集してみるとか

不具合を起こしているプログラムが存在していれば　タスクスケジューラの編集で回復する可能性が高いと思いますが　存在しない・正常に認識できない場合は部分的なレジストリ編集で終わってしまい　再起動すると他のレジストリーを参照して元に戻ってしまう　という場合があります

レジストリークリーナーの使用で簡単に表示されなくなる場合もあると思いますが　他に何が消されたか分からない部分が多いので　私個人としては使いたくないソフトの１つです

cmdの場合コマンドプロンプトですよね。
これはレジストリを自分で書き換えるのと気に使うやつですけど
自分もたまにこれが一瞬でてびびることあります。

それがwindowsによるものならＯＳには特に悪影響を及ぼすことはないと思います。
ウィンドウズ8.1ならスタートアップをタスクマネージャから停止させることが出来ます。

それ以外ではGlary utilityみたいなフリーソフトで無効化や遅延させることが出来ます。
CCCleanerでも無効化できたはず。
有名どこのフリーソフトです。

遅延でとりあえず試してみては？

フォルダオプションで隠しフォルダを表示するにチェックを入れてから
上記パスをたどるとその場所までいけるはずです。
それのプロパティを見るなどして調べてみるのもいいかもしれませんね。

そこまで詳しくなくすみません。

スタートアップの確認は済まされていますでしょうか？
現象としては変わらないかも知れません　cmdだけが起こす現象ではないので

私の場合は不要になったプログラムを削除した時の残骸で同様の現象が起きた事があります
今は終了時にプログラムの終了待ちメッセージが時々出ています　該当プログラムが無いのですぐにシャットダウンに移行しますが　解消できないでおります
他のプログラムに関連付けが残っているのかな？と思っています

sfcで修復してみる
https://support.microsoft.com/ja-jp/kb/929833/ja

スタートアップの修復を実行してみる
https://121ware.com/qasearch/1007/app/servlet/relatedqa?QID=011931

クリーンインストールを実行しないと完全に消せないかも知れません

おそらく、セキュリティソフトの起動でシステムのバックグラウンドで動作する為の処理に時間を取られている事がその要因でしょう。

Windows 7にしましたとしか記載がなく、OSのアップグレードにあたり、HDDやメモリ(RAM)容量のアップも当然行っているのだろうと推測しますが、質問内にはそのあたり何も記載が無いので、もしかしたら前のXPと変わりないのかな?

それだと当然処理速度が追い付かず、システムメモリーワークも不足していてタイムラグが発生して一時的にバックグラウンドが動作した時間に画面が暗くなるのはやむを得ないと考えます。

従い、ウイルススキャンがバックグラウンドで動作するときも一時的にブラックアウトしてもしょうがない。
　パソコンが軽やかに動作を行うための条件を与えてやるべきです。
　何も物理的な対応だけでなく、HDDの最適化も必要でしょう。
不必要な(使用していない常駐アプリ)ソフトは起動させない工夫も必要です。