ＡＩＴＯＫで単語登録した単語を

》どうしても消せません。
・どうしてもってどんな方法を使いましたか？次では駄目でしたか。

・使わなくなった単語の「読み」を入れて「スペース」を押して変換候補が出ている状態で(Enter押さず)「Ctrl」+「Delete」を同時押し「はい(Y)」を押して削除出来ます。

なお「ＡＩＴＯＫ」ではなくて「ＡＴＯＫ」です。

ATOKのバージョンがわかりませんが、使わない単語を変換させておき
「CtrlキーとDelキーの同時押し」をすると削除可能です
また、ATOKメニュー>辞書・学習タブ>詳細設定とクリックし、登録した単語を直接削除することも可能です。