なぜ空き領域がなくなっているか。原因がわからない

この件は、以前のWindowsでも発生する確率はあったのですよ。

60GBは、OSとアプリのプログラム領域ですが、残りはOSやアプリが一時的な作業領域として使用することがあるので、PC稼働中にC:ドライブの使用状況を確認すれば、C:ドライブの未使用領域が少なくなった様に見えるが、起動しているアプリを停止させ、システムの再起動を行えば、その分だけC:ドライブの未使用領域は増えます。
　ちなみに、RAMの搭載容量はどの程度なのでしょうか?

Windows 10の場合、最低でも8GBは必要ですし、標準だとしてら16GBが必要になると思います。
これらの容量が無ければ、アクセスの速いSSDに必然的にRAMの一部としてシステム領域が割り当てるので、結果的にC:ドライブの残り容量は少ないと警告が出るものと推測します。

簡単な対応策は、同時起動を行うアプリの常駐数を減らせばいいだけと考えます。

もしくは、外付けSSDを接続し、その一部をシステムが利用できるスワップ領域として
設定することでも対処は可能かと存じます。
また、ダウンロードフォルダについても、外付けのHDDに保存する様にシステム設定を変更することで対処は可能かと思います。