Windows更新後の不具合

脅威のあるアプリケーションは起動ができなくなって当然ではないでしょうか。
あなたがつくられたアプリケーションであれば、新しいコンパイラで脆弱性を無くすべきで、他社が作成したものであれば、同様のことができる別のアプリケーションを早急に入手するべきです。
古い自動車が故障して利用できなくなるのと同様にアプリケーションは永久に利用できるものではりません。アプリケーション自身にも最新のOSに対応するメンテナンスが必要なのです。

起動しないソフトが何なのか不明ですが

Windowsのバージョン更新で発生する場合があります
https://www.pasoble.jp/windows/10/update-fuguai.html

Windows10という基本名は変わらないのですが　バージョン更新がWin7　8　8.1と同等の仕様変更（大型アップデート）になる場合もあります　古いソフトは使えなくなる

残されている可能性としては　インストールプログラムを右クリックしてサブメニューから　管理者として実行　くらいでしょうか
管理者権限でログインしていても追加指定が必要な場合もあります

>Windows defenderセキュリティセンターから
>評価ベースの保護設定のアプリとファイルの確認項目もオフにしましたが、
>インストール時にエラーが出てしまいます。

以下は、自己責任での操作ですが、

「ウイルスと脅威の防止」＞「現在の脅威」で
　該当脅威を「デバイスで許可」を選択しても
　そのソフトは、起動できませんか　？

「WindowsによってPCが保護されました」と表示されます。
https://www.fmworld.net/cs/azbyclub/qanavi/jsp/qacontents.jsp?PID=0209-8188
あたりの設定は確認されたってことですね。

Windows10 Windows Defender【無効｜有効】の切換え方法
https://www.pasoble.jp/windows/10/088126.html
などを参考に一時的に無効にしてみるとか。
またWindowsにサインインしているアカウントは管理者の権限があるのか？念の為、確認しましょう。

＞更新後、PCを立ち上げたらWindowsによってPCが保護されましたと表＞示されました。どのようなソフトか知りませんが、その画面から詳細アイコンで無理やり起動できたりできませんかね。ブロックは無理やり解除できるようになっているものです。defenderを使うのを辞めて、サードパーティ製のセキュリティーソフトを使うとその現象は治るかもしれません。ESETインターネットセキュリティー丸ごと安心パック付き3年5台版やノートン360デラックス等は遠隔操作サポート、チャット、メールサポートがあるのでおすすめいたします。