歯医者の歯科検診や歯石取りって保険の不正利用では？

不正請求でも何でもないですよ。
保健衛生上の目的から、歯科衛生士の業務として、保険報酬請求に算定することが認められています（医療行為の１つ、ということ）。
歯科衛生士は医師の指示の下で医療行為に相当することを行なえるので、要は、看護師と同様な位置づけになっています。
だからこそ、公的医療保険が効くんです（報酬請求に算定できるから）。

これに対して、社員の定期健診や、病院の定期健診・人間ドックというものは、そもそも根拠法令が違い、医療行為ではないんですよね。
社員の定期健診でしたら労働安全衛生法、定期健診や人間ドック（特定健康診査など）は高齢者医療等確保法（旧・老人保健法）が根拠法令なんです。
つまり、医療の範疇ではないので、報酬が請求できず、保険診療にはならないんですよ。
　

歯というのは完全に健康な人というのはまずいないからです。調べれば何かしら異常があるわけで、何か異常がありそうだということで検査を受けるのは問題が無いと見做されているからです。普通の病院でも、検診という名目なら保険が効きませんが（保険組合の検査は除く）何か異常がありそうで念のために受けた検査なら、調べてみた結果問題が無かったとしても保険が効きます。