税金の調査について質問です

普通は、お金の流れが変で無かったら、家族まで調べられませんよ。

NO.２です。補足にお答えしたいと思います。
「真面目に税務署に通っている」という設定の意味が良く分かりません。
経営実態を毎月報告する義務など有りません。
年１回の確定申告で、経営規模に見合った収支と納税申告額が、不釣り合いな場合には申告の不正を疑われ、帳簿や領収書類等の証拠書類が法定通り整っているかを調査されます。
税務署には、立ち入り調査権が認められており、個人経営の零細企業者に対しても、抜き打ち的に調査が入ることがあります。
多くの場合、公認会計士に帳簿の記載や納税関係書類の点検を依頼していますので、不正経理は行われていないと思いますが、経営規模と納税額に著しい不釣り合いが感じ取られれば、更に踏み込んだ調査へと発展します。
いわゆる申告漏れなどが発見されれば、追徴課税され、課徴金が課せられます。
使途不明金などが発見されれば、使途の究明が行われ、家族も調査される場合はあり得ます。あくまで脱税が有るか無いかの調査であり、犯罪捜査ではありませんから、調査自体は恥ずべき事でも有りませんが、脱税も犯罪となり得ますから、経理だけは明朗にしておかなければ、親族ばかりか取引先などへも迷惑が及ぶことがあります。

税務調査で不正が疑われる場合（帳簿上の収支操作その他）、蓄財の不正移転の有無についても調査されます。
親族などが真っ先に疑われることになります。よく有るのが名義借りです。
政治家の経理不正調査は、親族は当然秘書、後援会に及び、罰金・禁固の処罰の上公民権停止までありますから、不正経理の脱税は相当な犯罪となります。
調査の範囲が何処まで及ぶかは税務署の判断次第でしょうが、取引企業にまで及ぶのが普通でしょうし、合理的根拠を示せなければ、関与者は共同正犯に問われる場合もあります。

調査に入るときは、的を絞って入りますね。まずそこを調査して、変だと思ったら関連したところを芋づる式に調べますね。酷かったらあなたの言うように親族全員が調べられるかもしれません。