耐電圧と絶縁距離の関係

「1000V を常時耐える絶縁距離は2倍の2000Vを1分間耐えうる」と考えても差し支えないのでしょうか？
絶縁耐圧試験において「2U＋1000 V」の試験電圧を規定しているJIS（IEC規格）が多数あります。ここで、Uは定格電圧や動作電圧の実効値を表しています。
通常印加される電圧にの2倍にある程度のマージンを加えて試験を行うことは一般的と思います。
「常時耐える電圧」と「定格電圧」や「動作電圧」の関係が分りませんので、御社で実施なさっている試験が一般的な条件であるか否かを即断することはできませんが、一般的な電気機器であれば準拠すべき安全規格があって、安全規格に規定されている試験を実施することが求められると思います。
産業機器などB2Bの世界の製品であれば、適用範囲が当てはまる安全規格が存在しないこともありそうです。そのような場合は、顧客との取引条件を決めた製品仕様書に規定した条件の試験を実施して、製品を納入することが必要と思います。
無用に厳しい耐電圧試験を実施する必要はありませんが、製品に適用される安全規格や、顧客との取引条件として設定した試験条件を勝手に緩めることはできないことに留意なさってください。

整流器の逆耐圧試験は一般的な電気製品の耐電圧試験とは破壊モードが異なると思いますので電圧2倍で1分間についてはわかりません。
電圧20％増しで1分間を1秒に短縮は主に商用電源で使用する電気製品特に家電製品などに使用されています。これは電気用品の技術基準で耐電圧の全数検査が求められていますが大量生産のラインで1分間がネックになることから電気業界からの強い要望がありそれを電気用品（管轄は通産省）が追認したのが実態です。ですのでなんでもこれが適用OKではありません。

とりあえず、回答しやすいご質問に対する回答です。

「2000V 1分間の試験であれば，時間短縮の為、2400V（2000Vの120％） 1秒間に置き換えても良い」の拠りどころ

JIS C 9612（ルームエアコンディショナ）の8.2.3（耐電圧試験）に、
「疑義を生じない場合は，製造工程中に，試験電圧の120 %の電圧を1秒間加え，これに代えてもよい。」のような規定があります。
エアコンに限らず多くの家電製品で、工程検査における耐電圧試験を120% 1秒で実施しているものと思われます。