黒のゴムパッキンの穴あけの方法を教えてください

多品種中量であれば、ウォーターカッターが有効です。水だけで切り、ベルトコンベアタイプが安価に加工できます。水の中にポリマーが入るタイプでは、50mm程度まできれいに切断可能です。(弊社設備)
多品種少量の場合、カッティングプロッタが有効です。機械価格がウォータカッターの1/510程度です。国産では、http://www.mimaki.co.jp をご参考に。
スイス製は、ポンチや超音波カッター、レーザー等のヘットが豊富で、価格も安価でお勧めです。http://www.zund.com をご参考に。必要であれば、日本の代理店をご連絡いたします。

既に解決しているとは思いますが、ゴムの加工にはウォータージェットが非常に有効だと思います。
弊社はウォータージェット加工のワークショップです。
未だお困りでしたら是非ご連絡ください。
ゴム加工の実績がございます。
弊社ホームページには、各種ゴム加工製品のサンプル写真も掲載しておりますので、よろしければそちらもご覧ください。

■株式会社辰巳鍜工(たつみかこう)
(神奈川県相模原市)
http://www5.plala.or.jp/tatsumi_kakou/

ウオータージェットで切断する方法が有ります。高圧3000Kの圧力で切断いたします。東京の商社ですけれど連絡をしてみてください。TEL03-3745-2491 担当五味様

量産・試作の区分、穴寸法精度、ピッチ寸法精度にもよります。
手作りで簡便に済ませるとすれば、抜き歯型（カッターの歯を木板に植え付けたもの）を使うのが手っ取り早いです。
指定寸法に作ってくれる専門のメーカーがあります、一穴だけなら数千円でしょう。
因みに、私の場合ですと、パッキンカッター（コンパスの先がカッターになっている道具）で済ませます。ご注意（DIYショップで売っているチャチな道具では、５ｍｍを切るのは骨が折れました）
本格的な道具が売られています。
（質問の内容に合っているでしょうか？？）

以前カーペットの様な物にパンチングで加工した事が有りますが、そのときは額縁の様な物を作ってそれに挟んで固定して、それを送り装置に取り付けて加工をしましたが、お困りなのはそれとも送り装置の送り量の不足でしょうか？