15年前のソフトを今のパソコンで使いたい

今まで大事に使ってこられたのには敬意を払います。

結論から言うと、商売を続けるのなら真剣にシステムの買い換えを（CAD/CAMも含めて）考えるべきです。

inkouさんの「昨年は買えた」PC98シリーズも昨年９月まで受注終了となっており、流通在庫も見つけるのは難しいようです。plusさんのおっしゃるように、当座のトラブルに備えて中古品を確保することが先決と思います。
しかしこれとていつまで動くかわかりませんし、業務に支障を来すのは目に見えています。

エミュレータやＤＯＳ窓での運用は考えない方が無難です。よほどの知識があれば別ですが、たとえばＮＣデータをどのように運用しているかですが、ＲＳ２３２Ｃなどの通信で運用しているとすれば、エミュレータ等での設定は結構やっかいです。

それよりも、一日も早く新しいシステムに移行することをご検討ください。

タクテックス　http://www.tactx.co.jp/fa/main.html

倉敷機械
http://www.kuraki.co.jp/j_index.htm

などが、パソコンCAMで結構実績があります。

そのほか最新情報は
CAD/CAM博覧会
http://www.ccnet21.ne.jp/cadhaku/

あまり回答になっていないかもしれませんが、あくまで業務を続けるならという前提で考えれば、解決策は自ずと見えてくるのではないでしょうか。

　そのＣＡＤ／ＣＡＭがパソコン側のハードに依存していないかどうか？というのも問題ですので確認する必要ありまよね
　私が以前使用していたＣＡＤはＣＡＤメーカー製の専用のＩＯボードをPC9821に搭載するというタイプでしたので、パソコンと運命をともにしてしまいました。

OSのエミュレータを試す価値はあるとおもいますが、
試行錯誤は覚悟しないとならないのと、
本物どおりに動くかの検証も必要でしょうから、
#1,#2のアドバイスをまず先に済ませたほうが
よろしいかと思います。

まだ、新品のPC-9821が、売っていますが
昨年ウチも購入しました。

WindowsでもDOS窓やコマンドプロンプトでDOSが走りますが
MS－DOS3.1用のソフトが正常に走る可能性は非常に低いと思います。

それよりも程度の良い中古品を入手する方が確実です。
秋葉原や大阪日本橋等の電気街やネット上でも購入できます・