測定器が入らない部位の測定

下記HPの丸本ストルアス（株）レプリセットを使用してはいかがでしょうか。硬化してもゴムのような感じで、石膏みたいに硬くはなりませんが一度ためしてはいかがでしょうか？価格表もあったのですが、見つからないので直接尋ねてみてください。

＞半練りで冷やすと硬化する粘土のようなプラスチック

というのは、自由素材(?)とかの名称で売られているものでしょうか？
冷却によって硬化するタイプですと、硬化時にヒケが発生するので、正確な寸法は取れないんじゃないかと思います。
同様に、２液混合型でも、硬化時に熱を発生するタイプだとダメだと思います。
以前に何らかのカタログで、寸法測定用の型取り素材を見た記憶があるのですが、今検索したら見つからず、失念しました。
答えになっていなくて、すみません。

何を測ろうとしているのかにもよると思いますが、
対象の形状がほぼわかっていて、寸法だけなのなら、
治具で測定器から延長して間接的に測るとか、
つまみなどで固定できる可動部のある治具を作って中で固定して寸法を取り出す、
などの方法もあると思います。

この場合、
入り口からの距離：１０センチ以下
最小の開口寸法、：数ミリ以上。上記距離が数ミリなら１ミリ未満も可。
突起物のおおよそのサイズ：数ミリ
測定したい部分および測定精度：数十から１マイクロメートル
を想定しています。

それとも、
１メートル以上内部で屈曲部の奥の
数十か所のバリの形状。
みたいな難題なのでしょうか？
書かないとと見当違いの回答が続出すると思いますが。

ご質問文面まさに、　あまりに抽象的で回答ができませんね。
空間、測定精度、投資コストなどがないと難しいですが、
あえて
　コストをかければ、画像処理で測定が可能でしょう。
内視鏡で、画像を取り込んで計測する。
精度によっては、スコープで見て画線で読み取る。
そんなところでしょうか。

速硬性の石膏を使われてみてはどうでしょうか、可成り狭い所でも固まれば掴める事が出来ると思います。

外す時に割れても寸法は取れると思います。