初心者向けのＳＭＣオートスイッチの違いと使い方

そのタイプは使ったことがないのですが、たぶんこれのことだと思います。
http://www.smcworld.com/2002/webcatalog/docs/actuator/related/d/d.pdf
２色表示式参照。

基本的にオートスイッチにはある程度の幅があります（弱いが関知してしまう位置）。
たとえば、シリンダーにオートスイッチを当てて、右から左へ動かしていきます。そうするとある一点でランプが点灯します。そのランプが点灯しているか微妙に点滅している所をマークしておきます（鉛筆などでシリンダーに直接印を入れます）。

さらにそのまま左へ動かしていくと、今度は点灯していたランプが点滅に変わる位置があります。そこも同じようにマークしておきます。

最初のマークと後のマークの間がオートスイッチの幅になります。その中間にオートスイッチを固定すれば、経験上トラブルはありません。

現在ご使用の物がどれか解りませんが、カタログで見た物は

>最適動作位置がランプの色によって判断できます。
>(赤→緑←赤)
>動作位置…………赤色発光ダイオード点灯
>最適動作位置……緑色発光ダイオード点灯

と書かれておりますので、真ん中が点灯する位置が正しい位置となります。
真ん中ではなく左右のどちらかが点灯している場合は、ピストン（マグネット）の中心にいっていないと言うことでしょう。

位置合わせのための補助的な物で、制御的には変わらないと思いますが、一応リンク先のカタログでお使いの物をご確認ください。