位置度がうまくでてくれません

こんにちわ。
今回位置度で少しとまどっているためアドバイスをいただけますでしょうか。

今回加工するのは機械がオークマのMD46VAEで材質が４５Ｃでして、ボーリング穴加工なんですが、位置度が安定しない（過去にもあった）ために、下穴を空けた後に、ボーリングバーを使って、荒、中仕上げ、仕上げをしようとしています。
穴は基準穴があってそこからの寸法なんですが、目標値が、基準穴より、
Ｘ－１４０．５、Ｙ－１０．０なんですが、基準穴で０点を出し（タッチプローブで計測後、ダイヤルでセンターを見ています）、目標値を入力して、加工し、加工した穴位置を計測したところ、Ｘ－１４０．５０９、Ｙ－９．９９３となり、そのずれを解消するため、Ｘを０．０１、Ｙを０．００８補正しました。それで中仕上げで加工して計測してみたところ、Ｘ－１４０．４９８、Ｙ－１０．０１２というような結果に。
Ｘはほぼゼロに近づいたのですが、Ｙが大幅にずれてしまいました。

なんとか自分で可能性を考えてみたのですが、温度で無いかと思いもしたのですが比較してみても０．何度かは違いますが1度も違わない範囲です。

なにが原因と考えられますでしょうか？
この情報が足りないなどありましたら調べ次第追記しますので、
よろしくお願いします。

一応位置度としての過去レスは見てみたのですが、いまいち自分の質問とマッチするのがなさそうだったので質問させていただきました

追記です

最初はもっとたくさんの穴（１４穴くらい）があったのですが、なんどかやってる間に（うちに三次元測定器が無く取引先で検査して持って帰ってきての繰り返し）
ラスト二穴まできたのですが、最初の検査結果で傾向的に入力座標より行き過ぎてる（大きいものでは０．０１ほど）感じがありました。
ただこれもすべてに同じ傾向があるわけでなく、出てるものもあれば、駄目のものもあるといった感じです。


あとＸとＹがずれてて両方補正かけたら、Ｙが大幅にずれたと書きましたが、そのあとに、Ｙが大幅にずれたので、ためしに補正をＸだけにしてＹを補正かけず前回と同じに加工したら、なぜかＸＹともども目標値より０．００１以内に収まりました。

あとは向こうの検査でＯＫがでるかどうかです・・・。



が！原因を解明したいので引き続きアドバイスお願いします。

向こうの検査でＯＫ出ませんでした（泣）


んで向こうの方に、基準穴から出なくて、下穴（荒引き穴）を計測して、そこからずれてる分をシフトさせてみてとのことで、そのように加工して、自社で計測したら前以上にずれてる！しかもＹ軸にいたっては動いてない！

んー、なんだかこの機械の計測もしくは自分らの計測の仕方が悪そうですね。



とりあえずこれでまた向こうの会社で再検査です。