工具の径を測る方法とは？

まずは、工具メーカーからタップとドリルのカタログを取り寄せて
勉強して下さい。一言でM6と言ってもロールタップやハンドやポイントやスパイラルその中でオーバーサイズもありますし
ヘリサートタップとかピッチが細目もあります、あと各メーカーは
タップ本体に必ず記載してるとおもいますが
タップの径をノギスと書いてますが３つ溝で刃が３箇所ではノギスでは
正確な径はどうかと・・リーマもタップもリードがあるのがありますから
できれば速くカタログで詳しく載ってますから、そして購入は無料です

タップは、それ自体がおねじなのではなく、
めねじを造成するためのオス型工具です.
めねじの谷の径は、一般には
少なくとも呼び径よりはプラスである必要があります.
なぜなら、おねじ外径の最大が呼び径ジャストだからです.
従って、タップの完全ねじ部の外径は
呼び径よりはプラスなっているハズです.

なお、ドリルはストレートシャンクなら柄を測ります.
テーパシャンクやエンドミルシャンクは仕方ないので先端部ですね.
タップはあまりノギスでは測りたくありませんが、
どうしても測る必要に迫られたら、一番太そうなところです.

タップの完全ネジ部を測っていますか？
また、回答（２）さんが言っているように回転工具は逃げ面があるので、注意をしてください。
更にドリルの場合は、バックテーパになているので、必ず、中間部ではなく先端を測るようにしないと径が小さくなってしまいます。

交差を直角にして計っていると正確の値が出ません
寝かして接触面を大きくして計ると正確の値が出ます

タップはピッチがあるので刻んである文字を読みます
刻んである文字が消えているような使い方をしているようなら
使い方を改めるべきです

回転工具は逃げ面がありますので最大直径より徐々に逃げています
つまり、計るところによって違います