SS400板材の加工歪が出て困っています

切削の切り込みはいかほどでしょう。
切り込みを少なくし、そりの状態を確認しながら切削してみて下さい。
もちろん、低切削抵抗のカッターを使用した方が良いでしょう。

また、材料の固定前と固定後でどれほど反り量が変化しているかも見てください。できるだけ変化量に合わせて加工した方が良いでしょう。
かなりの技術を要しますが、事前に反り量に合わせてプレスなどで材料を曲げておくというテクニックも必要になるかもしれません。
とにかく、長尺のものを反りなく加工するにはかなりの手間がかかります。

反りの程度は？
なにしろサイズが大きく経験から言えないが、全面で 0.2 なら御の字、0.5は問題ありの目安では？

材質のバラツキは有ったとしても殆ど表面化しないと思います。

焼きなまし条件は、応力除去焼きなましが一般的。580～650℃の炉冷（これでなければという基準でもない）
それ以上高温で940℃での焼きならし（徐冷）、完全焼きなまし（炉冷）、という処理があり、より残留応力が抜けるのは間違いない。現状条件がこの高温でなければ50℃ぐらい温度を引き上げて試すこともできる。

それよりも回答（２）さん指摘の加工時・固定方法が問題ではないかと思える。
マグネット固定も端面を段付きにしてクランプするのでも、経験がモノをいう世界。片側削って狂いが幾ら、トンボにして削って幾ら、繰返して修正するかどうか、的確な判断が必要です。

温度を50℃アップで試されては？

＞同じ切削条件で加工
でもバラツキは出るでしょうね。それほど微妙なものです。
回答（４）さんは経験を充分積まれた方とお見受けします。
まとめた条件で同じ結果がでるといえず、１個毎の判断が必要とする点は同意見。
＞反り量に合わせてプレスなどで材料を曲げておく
私は難しすぎるような気が・・・
焼入品のソリを局部的電気加熱して修正、平面研削することは常識的な手法です。軟らかく修正可能ならプレスも有り。

こう言う問題の場合 原因としては二通りあると思う。

1.貴殿が疑っておられる材料(素材)及び熱処理の問題

2.取付及び加工方法の問題


1.の場合は同じ「焼きなまし」でも「応力除去焼きなまし」を指示する

2.の場合は検証するには記述の内容が不十分だが 想像してお答えすると・・
大型の機械でマグネット固定だろうと思う。

マグネットの上面は当然ながら平面は出ている
しかし 素材が反っていると 面積に対して板厚が薄い為に変形の応力が発生した状態で
マグネットに固定されてしまう。

当然 固定をはずせば応力が開放され曲がってしまう。

固定時に 元々の素材の安定性が良ければ歪みは少ない。

マグネット以外の固定でも基本は同じです。

固定方法を工夫して一面を捨て加工できればよいのですが。

カッタ径、カッタ仕様、加工条件などが不明ですが、切削の方で
改善を図るとすれば、
・使用カッタに低切削抵抗タイプのインサートがあれば交換する
・切込みを減らす
・送りを下げる
・切削速度を少し上げる
・背分力の低いコーナ角15度の正面フライスを用いる(URL参照）
などが考えられます。

熱処理や材料のバラツキに関してはお詳しい方のご回答にお任せします。

加工能率は低下しますが、正面フライスの刃数を減らして、
いわゆる同時切削刃数を減らして切削抵抗を下げるのも一案です。

手っ取り早いのは、例えば6枚刃であれば、1枚飛びにインサート
を抜いて、3枚刃で加工を行なう。
この場合は、切削速度と送り速度を多少上げてみても良いかと。