4軸制御マシニングセンタでの芯出しについて

最近我が社で、4軸制御のマシニングセンタを初めて導入しました。
冶具を作成して、テーブルで割り出し加工をしているのですが、テーブルを90度傾けた時と、-90度傾けた時にどうしてもＸＹＺ軸方向にギャップがでてしまい、精度が出ません。
多軸で加工されている方は、どのような形で芯出しをされているのでしょうか？

すいません、初めて技術の森を利用したので、載せる場所を間違えてしまいました。

4軸マシニングセンタとは、FANUC社のROBODRILLでオプションで取り付けられる、DDR-T（インデックス+サイドテーブル）という仕様で、ターンテーブル（B軸）をつけたものです。ゆりかご方式です。
イメージはこんな感じです。（youtube動画です。）
http://www.youtube.com/watch?v=x1uyvF-1AM4

今後を見越して、テール側（サイドテーブル）を取り外せる仕様にしたのですが、そのようにするためには、インデックスとサイドテーブルを載せる土台を別々の物にしなければならなくなってしまいます。（本来は一体物です。）そのため、インデックスとサイドテーブルの、芯（Y,Z,B軸）がきっちり出ていないと、冶具として作成したテーブル（加工物をクランプする部分）が、変心してしまい、回転したとき（90度-90度）のY軸、Z軸が、実際に自分が基準と考えている原点と、変わってきてしまうということです。今は、インデックスの回転中心をY,Z,B軸の原点に置いています。X軸は加工物の端点においています。

自動計測システムを導入すれば、確かに改善されることなのですが、今費用的にもかなり厳しい状況です。

長々と書いてしまいましたが、こんな感じで分るでしょうか？
アドバイス頂ければ幸いです。