真円加工で楕円になる原因と解決方法

はじめまして。
縦マシニングセンター(＃４０、制御は FANUC-16i）のエンドミル加工にて円加工をすると楕円になってしまいます。
心当たりの原因を御教授頂けないでしょうか。

現象は
φ15mmのエンドミルにて 深さ15mm 径30mmの円中グリ加工をした場合
（マシンの精度を見る為のTEST加工です。)
長手（4時/10時方向） 31.9mm
短手（2時/8時方向） 28.2mm
と楕円になってしまいます。
（ノギス測定。目視でもはっきり楕円と確認できます）
X軸、Y軸のボールスクリュウの 玉、サポートベアリングは新しいものに変えて機械的なバックラッシ、テーブルのがたは 0.02以下になっています。

メーカーに確認したところ テーブル、サドルの裏側のベットに当たる面のシートに不具合があるとのこと(外して確認はしていません。現象のみでの判断）で張替えが必要とのことですが納得がいきません。

私の少ない知識の中ではどうしてメカ的な不具合（この場合摩擦が不安定）により円加工時に毎回きれいな楕円になるのか、2005年製頃とそんなに古くない機械で重切削もしていないし(加工材は モック用のケミカル、アルミ、ナイロン等の比較的軽くてやわらかいもの）そんなに早くそのシートが痛むのかと疑問が湧いてきます。サーボ系の不具合ではないのかとも思っています。

シート張替えは修理の費用も高額なので躊躇し機械が止まったいる状態で困っています。
どなたかアドバイスしていただけませんか。
よろしくお願いいたします。

簡単に経緯の説明を追加いたします。
最初 Y軸のサーボモーターが振動して加工面が荒れるということで サーボアンプを修理しました。
修理後モーターの振動はなくなりましたが加工面にエンドミルの切削跡( Z-X、Z-Y平面に)がまだ残るということで X、Y軸のベアリングの交換(バックラッシ、テーブルのガタが大きかった)をして TEST加工をしているうちに 楕円になることに気付きました。

パラメータ-などを調整しましたが楕円になる原因が分からなくなりましたので、メーカーに確認してもらったところ 「テーブル、サドルの裏側のベットに当たる面のシートに不具合」とのことでした。（ターカイトのことと思います.)

アドバイスの程よろしくお願いいたします。