主翼解析結果についての疑問

え、普通の結果じゃあないの？
胴体つけたときも流体速度を同じでシミュレーションしてますよね？
本来なら効力で流体速度が変わるパラメータ入れてないのでは。

「揚力係数は機体全体＞主翼のみ＞機体全体の主翼の順」
「揚力係数の式より面積が大きくなると揚力係数は小さくなると思う」
定性的には、お考えのとおりになりそうに思いますが、どのようなモデルを使って解析しているかで、予想外の結果が生じる可能性を否定できません。

シミュレーションは、与えられた条件に従って忠実に計算すると思います。大変に失礼ながら、モデル化の段階でご質問者さんの思い込みがあると、現実と相違する答えが返ってくる可能性があると思います。
私にはお問い合わせの文章から問題点を炙り出すほどの力はありませんので、お役に立つ回答を差し上げることは困難ですが、誘導抗力係数に関して、主翼のみは機体全体の主翼の2倍近くの大きさというあたりが、問題点の発掘の糸口になりそうに思えます。
理論的に想定できる値と、解析ソフトを使って計算した値との乖離が2倍にもなるところは、モデリングに何らか問題があると推定して、検討を進めたら如何でしょうか。

他の航空機であっても、揚力係数，誘導抗力係数についての信頼できる値がお手元にあれば、そのパラメータを代入して、お問い合わせの解析に問題がないか確認することはできそうに思います。