HHKB HYBRID Ctrlキーが効かない

https://happyhackingkb.com/jp/products/hybrid_types/
こちらですか。

>数分キーボードを触らなかった時に
>よく起こる気がしますが、
>自動で接続が切れたりするのでしょうか？
ワイヤレス接続の場合に一定時間時間使われないと接続が切れるって訳ではありませんがキーボード側が省電力状態となりそれから復帰する際にタイムラグみたいなのが起こり今回のような事を起こす可能性はあります。

補足いただきありがとうございます。

以下ページの要領で対処してみてはいかがでしょうか？

キーの入力中にDipスイッチ設定やキーマップ設定が初期化される
↓↓↓↓↓
https://faq.pfu.jp/faq/show/3785?back=front%2Fcategory%3Asearch&category_id=143&commit=&keyword=%E5%88%9D%E6%9C%9F%E5%8C%96&page=1&site_domain=hhkb&site_id=4&sort=sort_keyword&sort_order=desc

また、Dipスイッチを今のモードから変えてみる（Win→MacまたはMac→Win）とか。
キーマップはそれぞれ独立して設定できるので、他方を触ってなければControlキーは初期の位置のままだと思います。

PCの情報（OSやバージョンなど）が不明ですが、

・HHKBのリセット
https://faq.pfu.jp/faq/show/3107?back=front%2Fcategory%3Ashow&category_id=160&page=3&return_path=%2Fcategory%2Fshow%2F160%3Faction%3Dajax_see_more%26page%3D3%26site_domain%3Dhhkb%26sort%3Dsort_access%26sort_order%3Dasc%26type%3Dshow&site_domain=hhkb&sort=sort_access&sort_order=asc&type=show
・高速スタートアップをオフにする
https://askpc.panasonic.co.jp/beginner/guide/ten02/2006.html
・PC再起動（Shiftを押しながらシャットダウンを選択）
・WindowsUpdateを最新の状態にする
・ドライバー最新状態にする（再インストール）
・以下ページの要領で対処してみる
https://smartchannel.jp/hhkb-hybrid-bluetooth/
・電源の管理の見直し。他に設定をして、再度戻してみるとか。
（高パフォーマンス推奨いたします）
https://support.hp.com/jp-ja/document/ish_2956069-2846411-16

一度これらをお試しになられてみてはいかがでしょうか？