GT-1000について

GT-1000のヘッドホンからモニターしてハウリングがないなら、アンプの音量がデカ過ぎかアンプからの距離が近いのでは。

あとセミアコやフルアコだとハウリングはしやすいです。あと安物のギターも。

これでダメならGT-1000の故障かもしれません。

・gainをもう少し下げてみる(40～30）
・ギターのInput Levelを再調整してみる
・ギターとスピーカーの距離を離す

このくらいでしょうか。

参考サイト
【BOSS GT-1000を使いこなす！No.1】
https://omine-guitarschool.com/gt1000/post-115/

【ギターが弾きづらいと感じる時の原因と対策　〜サウンド編〜】
https://zzstylesound.com/guitar-trouble-shooting-sound/#:~:text=%E3%83%8F%E3%82%A6%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%81%8C%E6%AD%A2%E3%81%BE%E3%82%89%E3%81%AA%E3%81%84%E5%A0%B4%E5%90%88%E3%81%AE%E5%8E%9F%E5%9B%A0%E3%81%A8%E5%AF%BE%E7%AD%96%201%20%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%97%E3%81%A8%E3%82%AE%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%81%AE%E5%90%91%E3%81%8D%20%E3%82%AE%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%97%E3%81%8B%E3%82%89%E9%9F%B3%E3%81%8C%E5%87%BA%E5%8A%9B%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%A6%E3%81%84%E3%81%A6%E3%80%81%E3%81%9D%E3%82%8C%E3%82%92%E3%82%AE%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%81%8C%E6%8B%BE%E3%81%84%E3%82%84%E3%81%99%E3%81%84%E5%90%91%E3%81%8D%E3%80%81%E3%81%A4%E3%81%BE%E3%82%8A%E3%80%81%E3%82%A2%E3%83%B3%E3%83%97%E3%81%A8%E5%90%91%E3%81%8B%E3%81%84%E5%90%88%E3%81%A3%E3%81%9F%E7%8A%B6%E6%85%8B%E3%81%A7%E3%81%AF%E3%83%8F%E3%82%A6%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%81%8C%E8%B5%B7%E3%81%93%E3%82%8A%E3%82%84%E3%81%99%E3%81%8F%E3%81%AA%E3%82%8A%E3%81%BE%E3%81%99%E3%80%82%20...%202%20%E3%83%94%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%81%AE%E3%83%9D%E3%83%83%E3%83%86%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0%20%E3%83%9E%E3%82%B0%E3%83%8D%E3%83%83%E3%83%88%E3%83%94%E3%83%83%E3%82%AF%E3%82%A2%E3%83%83%E3%83%97%E3%81%AF%E3%81%9D%E3%82%8C%E8%87%AA%E4%BD%93%E3%81%8C%E6%8C%AF%E5%8B%95%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8A%E5%85%B1%E6%8C%AF%E3%81%97%E3%81%A6%E3%81%97%E3%81%BE%E3%82%8F%E3%81%AA%E3%81%84%E3%82%88%E3%81%86%E3%81%AB%E3%83%AD%E3%82%A6%E6%BC%AC%E3%81%91,%E3%82%B9%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%81%AE%E5%85%B1%E6%8C%AF%20...%204%20%E6%AD%AA%E3%81%BE%E3%81%9B%E3%81%99%E3%81%8E%20...%205%20%E9%9F%B3%E9%87%8F%E3%81%8C%E5%A4%A7%E3%81%8D%E3%81%99%E3%81%8E%20

・ノイズサプレッサーの設定の見直し
・ギター、アンプ、マイクなどの位置（距離）確認
・ループバックなど適切な接続か確認
・アンプのgain値やvolume値の調整

ご質問者様の質問内容を拝見する限り、対策などされているのは把握しました。
とりあえず、これらを今一度確認してみたり、見直されてみてはいかがでしょうか？

ハウリングでしたらこれくらいしか対処の仕様がないと思うのですが…改善しなければ、他のアンプを介したりする必要があるかもしれませんね。