黒の文字だけが印刷できません

>インク切れになってもしばらく使用し、新しいインクと交換したところ印字されなくなりました。

インク切れ→即プリンターヘッドが詰まります。
インク切れになる前に交換する事が重要！

修理には￥9000＋送料1600が必要、修理に出す時は総て純正のインクに交換。

　基本プリンターは　たまに使うと目詰まり等して上手く使えなくモノです。
複合機なら、コピー等の目的で「電源を入れておく」事をお勧めします。

　頑固な「目詰り」または「プリンターヘッドの不調」と思います。
修理に出す前に、「洗浄インキ」を試されるのも、ひとつの方法です。
　他機種でしたが、頑固な目詰まり？　故障？　と諦めかけた時「洗浄インキ」で解決しました。
以降　2度同様な事態がクリアできました。
　インキ型番により、異なりますが、例として下記の様なものです。
http://www.komamono-honpo.com/inkjet/maintenance_goods/washing_cartridge/washing_cartridge_canon/KM-ECC-BCI-351-350-6MP.html

ヘッドノズルが詰まったのでしょう。
詰め替えインクだと、細かいゴミが入ってノズルが詰まることがままあるようです。

「インクジェット ノズル 詰まり 解消」あたりで検索すると情報があります。
これらの手段で解決しないときは、根本的には、ヘッド交換。
費用を考えると、修理よりプリンタ買い換えの方が安いと思います。