スタートアップ無効にしても問題ないでしょうか？

問題ありますね。
パソコンを起動する(ＯＳ立ち上げ)時にはセキュリティソフトを(スタートアップで)真っ先に起動しないとパソコンは無防御の危険な状態のままで立ち上がります。

それを回避する為には終了時に「シャットダウン」せずに「スリープ」を利用するとよいです。これでしたらセキュリティソフトを再起動する必要がないので起動速度は確実にアップします。

私はkasperskyを使っていますがシャットダウンからkasperskyが起動すると２分くらいかかります。スリープから起動すればこれがなくなります。

ウイルス対策ソフトの使用は個人の判断ですので　ご自由にとしか回答できないです
ソフトメーカーも保証はしていないですし　適当に書いても責任は無いと思いますが
スタートアップに登録されたもの以外に何が起動しているのか解らない　時々がどういう状況か解らない
問題ないかどうか解らない　です

個人的な思い込みになりますが
動かしていても完全では無いと思っていますので　インターネットが接続されている間は動かしておいた方が周りの人に迷惑を掛ける確率が減ると考えています

アップデートは提供の早さがソフトの機能とも言って良い部分でもあります
未知のものは対応が遅ければ感染が広がる範囲が広い事になります
風邪のウイルスと同じで早めにワクチン接種しておいた方が感染する確率が減る　アップデートはワクチン

１個人の思考ですので　後は御自身の判断で決めて頂ければと思います

遅いのはESETが起動するソフトやプロセスにウィルスなどがあったり、それに感染していないか確認しているからです。
スタートアップからESETを外せばそのチェックが無くなり無防備になります。
ウィルスやマルウェアによっては起動してしまうと検知や駆除が困難なものもありますので、せっかくESETを導入している意味が薄れますね。