装置の振動を抑える方法を教えてください

直接解決に結びつくアドバイスではありませんが、
最大加速度を抑えてやれば振動は減少します。
実測値から加速度線図を書ければ楽なのですが。

制振は発生元を抑えられなければやるしかないですが
初めにやるのは発生元を抑えることです。

現在、サーボモータ制御システムを開発しています
最近のシステムでは機械構造の変化や強度不足による振動モードに適応す御が行われています
具体的には、制御信号の発信タイミングと電流値を振動モードの推定値に対応させてコントロールしています

アドバイスとしては、
１）振動モードの論理解析を行い
２）データを採取して
３）制御を調整する
とさせていただきます

追記：技術講座「振動と騒音」資料を参考にしてください

>加速途中で減速に入る時が振動が一番大きくでます。
ちょっといみが分からないのですが、S字カーブで加減速制御設定をしてあって、その加速時の後半という意味ですか?

　また、その直動システムは最初からメカ、モータ、制御系が一体になった市販品なのですか?
　メカ剛性その他の問題もあるかもしれませんが、まず、サーボ調整は手順通り行われましたか?

　あと、設定速度をわざとうんと落とした時はどうなりますか?

>サーボ調整は私はしていませんが制御を担当している者がちゃんと行っていると思います。

状況から推定すると(メカ剛性不足などの要因があったとしても)、とてもそうは思えません。

　オムロンの最新のがどうなっているか今把握していませんが、まず、基本的定数の設定を最初からやり直しましょう。現代制御云々とか適応制御云々とあってもPIDに毛が生えた(へたするとむだ毛だったりする)物も多いようですから、設定を繰り返し追い込んでいく必要があると思って下さい。慣れればどうということは無いのですが、機器の組合せ(この2社が悪いと言ういみとは違います)やご質問者とサーボ調整の方が別々であるなど、正直、ちょっとやばい臭いがします。
　メカ系の剛性不足などがあっても、カップリングの再選定や結合部剛性位しか、今更もういじれないと思いますが、それも不安が大きいようでしたら、別途図面等メール添付して下さい。

なるほど。その感じだと、やはり、そもそもメカ剛性も足りていないのではありませんか?　構造をお教え下さい。門型ですか?　またカップリングは何ですか?
また、わざと設定速度をうんと落とした時はどうなりますか?

用語だけなら『アクティブ制振』技術の分野かと。。。

お話しの内容からだけだと,原因の特定もなかなか困難です.
お使いの直行ユニットのメカ方式,制御方式だけでもまずお教え下さい.
振動は停止時でなく移動時なのですね?