真空環境下で使用できるフレキについて

真空チャンバーの条件が、1×10^-4Pa程度が？？です。
多分、－1×10^4Paと思いますが、－0.0001Paではないでしょうね。
－1×10^4Paは、－10^KPaであり、－0.01MPaなので、1atmの1/10（真空度10％）です。
これなら、半導体なので、半導体グレードのPFAチューブを使用し、PFA継手を用いれば
配管できます。
但し、水冷又は空冷の圧力を確認し、PFA継手等を選択して下さい。

絶対圧表示ですか。0.0001Paなので略0.1MPa余分に圧力が加わると考えれば良いのですね。
PFAチューブとPFA継手を使用すれば問題は無いと思います。
圧力に関しては、選定時に再確認して下さい。（水冷又は空冷の圧力を再確認し）。

真空チャンバー内では＋0.1MPaの水圧という事を忘れないでいれば、
テフロンチューブで大丈夫と思います。
どの様な真空システムか判りませんが、
チャンバー内の漏水は甚大な被害が出ますので、
雰囲気温度と耐圧を十分考慮され、金属継手（SUSの食い込み継手）と
テフロンチューブを使われるなら、デガスの問題も有りません。
真空チャンバー～大気間の貫通部については、
各社からサーモカップルコネクタと言われる継手が出ていますので、
SUS配管との組み合わせで貫通すれば良いでしょう。
（例えばスェージロック、フジキン等）

ベロータイプのSUS配管は内圧を考慮しているのかどうかが不安です。
私もこういった使い方をした事がありませんし、
もし採用を考えられるならメーカーに確認された方が良いでしょう。

http://www.toyox-hose.com/company/c-1-1.htm
ホース関係の大手です。
本来なら油圧用のホースの方が良いとは思いますが…
メーカに相談してみてはいかがでしょうか。
単純に真空状態でなければ、網入りのホースで充分かと思います。
http://www.kamlok.jp/
水等液体のワンタッチの継手です。