２種類以上のエフェクターを使ったクリーンサウンドと歪サウンドの切り替え方法とは？

エフェクターのスイッチを一度に切り替えたいと言うことでしょうか。
その場合は、機材で対処するならA/Bボックスやラインセレクターと言った機材を用意して、そのセレクタースイッチで使うループを切り替えて、一気に音を変えるのが適当でしょう。 大規模なシステムになれば、スイッチングシステムと言うより大掛かりで高価な機材が適切かも知れません。

エフェクターが2つで、そのオンオフの切り替え・転換を一気にやりたいということであれば、最も原始的な方法としては、エフェクターを二つ、スイッチ部分が同じ直線状に並ぶように設置しておき、足先を横に向けて両方のエフェクターのスイッチを一気に踏み込むのが手っ取り早くて安上がりです。 RAT2のスイッチとBOSSのスイッチは形状が異なり、踏み込みの歯ごたえも異なるので、ちょっと違和感を感じるかも知れませんが、特に無理なやり方ではないと思います。
なお、このときのパッチケーブルに関しては、CH-1の入力側はL字プラグのものを選ぶのが無難かと思います(ストレートプラグでも二つのエフェクターが直交するように置けば、同時にスイッチを踏むことは不可能でもないでしょうけど)。
それが難しければ、多少のラグがでることは覚悟の上で、RAT2→CH-1の順にすばやくスイッチを踏むのがよいでしょう(BOSSのスイッチは踏みやすく、逆にRAT2のスイッチは硬いので、RAT2から操作する方がスムーズに転換できるでしょうし、歪み→クリーンの変化の方が、コーラスのオンオフの変化よりも耳に残ると言うところもあるので、RAT2を先に操作するのがよいでしょう)。 演奏上は、サウンドの切り替えにラグが生じることもやむなしと考えるのも一つの手ではあります。

参考まで。

え、普通にRATのスイッチをオフにすればクリーンになるじゃないですか。
コーラスを使いたいというのは、クリーンの時だけですか？