歪み系エフェクターで音がきれいなものはありますか？

なぜそのような質問をするのかによりますが・・・。
だいたい、「音がきれい」とはどういうものを求めているのでしょうか。基本的に音を歪ませるということはクリーンではないのであって、歪ませた音はきれいな音ではない、というのが普通の認識でしょう。
なお、「きれいな音」についてはあなたがどのように考えているのかわかりませんが、「汚い音」についてははっきり言えることがあります。それは、エフェクターの問題ではなく弾き方によるもので、歪ませた音は基本的に単音で鳴らすべきであり、複音を鳴らす場合には四度又は五度の音程差、いわゆるパワーコードで弾くのが常識で、それ以外の音程差では音が汚くなる傾向があるということです。もちろん歪みが強いほど汚さも大きくなります。強く歪ませてコード弾きなどしたらグシャグシャな音になりますので、特殊効果を求めるのでない限り普通はやりません。
どれほど歪ませれば汚くなり、あるいは汚くないのかは、それを聞く人の好みに負う部分が大きいので、実際に自分でアンプやエフェクターを調整したり楽器屋で試したりして自分の趣味で決めるべきことだと思います。
なお、単一のエフェクターではなく、歪み系の後に残響系のエフェクターを組み合わせると汚さがある程度は緩和される傾向にあります。一時、フュージョン系の音楽でオーバードライブの後にコーラスを咬ますのが流行りましたが、ウネリが気になるということもあり、私はあまり好きではありません。