インク残量がなくなり、色がおかしい理由はなぜでしょうか？

未使用機種ですが
交換されたのは全色同時？　単色であれば　他の色の残量警告ではない？　以前から純正インク利用？

操作パネルに交換の有無確認は無く　付け替えで自動リセットされる印象　何かの不具合でリセットされなかったのかも？
もう一度差し直しても変わらないのかな？

インク交換の要因不明ですが　目詰まりを発生した後のインク交換であれば　直ぐには回復しない場合があります
印刷品質チェックシート＋ヘッドクリーニングを３～５回　１２時間程度の時間を空けて　再度繰り返してみるくらいしか方法は無いです

汎用インクから純正インクに切り替えた場合もインクの性質の違いで発色に不具合が発生する場合もあるようです　古い汎用インクを出し切るしかない

プリンター故障と判断して修理に出すか　インク検知機能の一時的不具合として新しいインクに交換してみるか　難しいところです
エラーメッセージを気にしなければ（邪魔ですが）タンクが空になるまで使い続ける事は可能なんじゃないか？と感じます

ヘッドクリーニングを何回かされても改善しないのでしたら5時間程時間を空け、再度チェックしてみてはいかがでしょうか？
インク吐出経路に損傷や亀裂が生じインク漏れが発生することもまれにあるようです。
その場合は修理しか方法がありません。

まず、印刷品質チェックシートの印刷結果はどのようになっていたのでしょうか？
また、純正インクをご使用でしょうか？
どのくらいの期間、どういう環境にさらされ、どのくらいの量をどのくらいのインターバルで印刷されていたのかわかりかねますが、
おそらくインクヘッドが乾燥もしくはインク残渣の堆積物による目詰まりを起こしているのではないでしょうか。
過去に非純正インクをご使用されたことがありましたら、インク残渣堆積物が原因となることが多いです。
もしくはインクを入れ替えたのでしたらその際に気泡が生じ、気泡が消える（落ち着く）まで印字できない状態になっている可能性があります。
インクカートリッジを変えたから、ヘッドクリーニングして良くなったからといってすぐ改善することはほぼありません。
また1日にヘッドクリーニングを何十回してもさほど効果はありません。
時間を置いてから改善しているか状況を見ながら
毎日、ヘッドクリーニングを4回その後電源プラグを抜き1日放置
これを繰り返して良くなれば回復の可能性がありますが…
洗浄カートリッジを使用してみるという意見もありますが、洗浄カートリッジは純正品では存在しません。故障の原因となりますのであまりおすすめできません。
最終手段でのご使用を検討されると良いかもしれません。
プリンターの初期化、ファームウェアの更新やプリンタードライバーを入れ直して改善したというケースもありますのでご参考までに。
インクカートリッジを振ってみて改善したという都市伝説もあったり…？
改善の見込みがなければ修理となりますが、補修用性能部品の保有期間を既に過ぎている製品であれば、
修理をすることができませんので、残念ですが買い替えとなります。
以下、参照願います。

【インクジェット プリンター】インクが出ない/白紙になる/色合いがおかしい
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10644/

https://support.brother.co.jp/j/b/producttop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw
こちらですね。

【インクジェット プリンター】インクが出ない/白紙になる/色合いがおかしい
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10644
【インクジェット プリンター】インクがすぐになくなります
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/9385
ヘッドクリーニングですが回数を行うとそれだけインクを消費することにはなります。1回程度なら交換した純正インクカートリッジが直ぐに無くなるって事はないとは思います。
理由まではわかりませんがもう一度インクカートリッジを購入して取り付け直してみるとか。それでも同じことが起こるならプリンタ本体に何か問題が起こっている可能性があるので修理や点検が必要かも。