スキャンの途中でエラーが発生！解決方法を教えてください

まず、機器類（プリンター・PC/スマホ・USBケーブル抜き差し等）の再起動をして改善するか確認してみてはいかがでしょうか。
USBケーブルの故障も踏まえ、交換できるようでしたら交換されてみても良いかもしれません。

また、Windowsの自動アップデートにより、至る所であらゆる影響を受けたりします。
今回その影響かどうかはわかりかねますが、付属CDを使用するのではなく、ブラザーホームページよりプリンタードライバーを入れ直す事により改善する可能性があります。

・プリンター本体の操作でネットワーク初期化をしてプリンターの電源を切る
　※この時USB接続されている場合は抜いておく
・一旦、プリンタードライバーをアンインストールしてPCを再起動
・以下ページより、フルパッケージダウンロード 【推奨】を選択しダウンロード
・ダウンロードしたフルパッケージドライバーを再インストール
これで症状が改善されるかご確認ください。

改善しなければ以下項目について対処後、再度試してみてはいかがでしょうか？
　※標準ドライバーがインストールされていたらそれも削除
　※同じようなプリンタードライバーを登録していればそれも削除
　※ブラザー公式のアンインストールツールを使用する
　※コントロールパネルでのアンインストールツールを試してみる
　※セキュリティソフトを一時停止する
　※フルパッケージではなく、一つ一つインストールする
　※付属CDを使用してみる
　※高速スタートアップにチェックが入っていたらチェックを外して再起動
　※プリンター本体を購入時状態に初期化する

【インクジェット/レーザー プリンター】(Windows)今まで印刷できていたのに、突然印刷できなくなった
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10255/

Webページからドライバーをインストールする方法
↓↓↓↓↓
https://www.youtube.com/watch?v=V7pUbPDKogU&feature=youtu.be

【インクジェット/レーザー プリンター・スキャナー】ドライバーのアンインストール方法（Windows、macOS）
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10363/

ソフトウェアダウンロード
↓↓↓↓↓
https://www.brother.co.jp/download/software/index.aspx

https://support.brother.co.jp/j/b/producttop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6999cdw
こちらですか。

本製品を初期状態に戻す
https://support.brother.co.jp/j/s/support/html//cv_mfc6997cdwa_jpn/doc/manual/index.html#GUID-5D434F10-E0FA-4715-BC9F-19F3A57426C9_431
リセット機能の概要
https://support.brother.co.jp/j/s/support/html//cv_mfc6997cdwa_jpn/doc/manual/index.html#GUID-924EF74C-A0C5-4E81-9B59-927A6966F7AA_432
全設定リセットを行って現在インストールしているドライバをアンインストールしてプリンタの電源を切りPCを再起動して

フルパッケージダウンロード 【推奨】
https://support.brother.co.jp/j/s/support/html//cv_mfc6997cdwa_jpn/doc/manual/index.html#GUID-924EF74C-A0C5-4E81-9B59-927A6966F7AA_432
ドライバの入れ直しをもう一度行ってみるとか。

それでもダメならプリンタ自体の何か問題がある可能性も出てきます。
その場合は修理・点検って話になるかも。