MFC-J4940DN　本体からスキャン

以下ページの要領で対処してみてはいかがでしょうか？

【インクジェットレーザー プリンター・スキャナー】複数枚の原稿をスキャンして、1つのPDFファイルに保存する方法
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https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/9873

過去解決事例
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１枚目をスキャンすると「PCへ保存」が現れ→「ファイル形式」「設定」→「ファイル分割」「原稿単位で分割する」に全部枚数を入れました。
１枚目をスキャンした後に、画面中央上部の「追加スキャン」を押して２枚目をスキャンを行うと見事にできました。
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【インクジェット/レーザー プリンター・スキャナー】複数枚の原稿をスキャンして、1つのPDFファイルに保存する方法
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/9873/~/%E3%80%90%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%82%AF%E3%82%B8%E3%82%A7%E3%83%83%E3%83%88%2F%E3%83%AC%E3%83%BC%E3%82%B6%E3%83%BC-%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%8A%E3%83%BC%E3%80%91%E8%A4%87%E6%95%B0%E6%9E%9A%E3%81%AE%E5%8E%9F%E7%A8%BF%E3%82%92%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%A3%E3%83%B3%E3%81%97%E3%81%A6%E3%80%811%E3%81%A4%E3%81%AEpdf%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%81%AB%E4%BF%9D%E5%AD%98%E3%81%99%E3%82%8B%E6%96%B9%E6%B3%95

https://support.brother.co.jp/j/b/producttop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj4940dn
こちらですね。

スキャンしたデータをPDFファイルとしてパソコンに保存する
https://support.brother.co.jp/j/s/support/html/cv_dcp4140nd_jpn/doc/html/GUID-563DEDD0-9DB8-44C8-8061-757457467E6F_1.html?c=jp&lang=ja&prod=mfcj4940dn&broug=in
みたいな話でしょうか？

【インクジェット/レーザー プリンター・スキャナー】複数枚の原稿をスキャンして、1つのPDFファイルに保存する方法
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/9873
予めBrother iPrint&Scanの方で複数枚の原稿を1つのPDFファイルとして保存できる設定にしておけばプリンタ本体の操作パネルからスキャンしてPCに保存した場合も1つのPDFファイルとして保存できるかな？とは思うのですが。