初期不良でSIMカードが認識されず、修理有料となる場合の対応方法は？

恐らくですが、システムボードに破損個所があった為だと思います。
SIMソケットは恐らくシステムボード直付けなので、破損している事で有償となったのでしょう。

「SIMカードを取り付けようとしたところピンをさしてもトレイがでてこず、さらに奥まで刺したところ」が原因かと。
「ペンチで引き抜き」も良くないですね。

残念ですが、今回は素直に修理をした方が良いと思います。

〉トレイがでてこず、さらに奥まで刺したところ、1mm程度
でてきたので、ペンチで引き抜きSIMをさしました。

こんな事をする前にサポートセンターに連絡するべきでしたね。
メーカから見ると完全に無理やり壊したと言う扱いになっています。
どう考えても理性的な行動ではありません。
腹が立ったから殴ったと言う感じです。

ちなみに、初期不良の交換時期内なのでしょうか？
いつ買ったのかも、わかりませんし。
その後の、無償交換期間がどうなってるかも書かれていないので、
状況が判断できないのですよ。

ほとんどノートパソコンはマザーボードに機器が直付けされているので、破損した場合は、マザーボード一式の交換の上OSの代金がふくまれるので、違和感の時点でメーカーに連絡するべきでした。かつて当方もDELLのノートパソコンのmicroSDリーダー部分が破損しメーカー修理すると購入代金以上となり、修理を断念しました。これが海外メーカーの現実です。