エクスペリエンスインディックスの値について

多分、２）だと思います。
一般論になりますが、BIOSの設定でグラフィックを、「オンボード」か「PCI」かの設定があります。ビデオカードを着けていた時は、「PCI」、外したのだから、「オンボード」が正しい設定です。

変更しなくても、使えているならあまり気にしなくてもよいかも？
ある程度、BIOSの設定ができるのであれば、注意深く（自己責任で）変更をすれば、値も上がると思います。
画像は、機種が違うものですが、たまたま私も最近ビデオカードが故障したので、外してオンボードで使うときに設定変更したものです。

単にNECが提供してる？Intelのビデオドライバをインストールしてないだけでは？
NECの法人向けPCで、Intelからダウンロードできるビデオドライバをインストールできるかどうかはわからないけど、IntelかNECのサイトからビデオドライバをダウンロードして、インストールすれば最低でもグラフィックの2つは4から5程度にはなるのでは？
Win10だと、IntelやNECのドライバをインストールしなくても、自動的にドライバを入れてくれます。でも、7だと自分でインストールしないと、ビデオドライバは入らないですよ。

別段、通常業務に支障が出ていなければ問題はないのでしょう？

そのパソコンで3D表示の映像の凝ったゲームするわけではないのでしょう？

＞１）元々、ＮＥＣの標準のグラフィック機能は、その程度である。
というよりはＩｎｔｅｌのCPU内蔵グラフィック処理機能がその程度ということでしょう。

ゲーミングPCだったら、そのエクスペリエンスインディックスでしたら話になりませんけど事務処理用なら問題ないのでは？
（ゲーミングPCだとゲーム用グラフィックスが9.9なんて値が珍しくないです。）

2D表示に関してはCPU内蔵のグラフィック機能で十分です。Ｗｉｎｄｏｗｓ７のエクスペリエンスインディックスのグラフィックス・・・１．０でも問題ないです。その証拠にWindows10にはエクスペリエンスインディックス表示は無くなりました。2D表示には問題が無くなったからという事らしいです。グラボの性能表示グラボメーカーが考えれば良い事。

＞１）元々、ＮＥＣの標準のグラフィック機能は、その程度である。

こちらかと思います。

NECに限らず、マザーボードのチップセット内蔵のグラフィックス機能は最低限のものです。
メインメモリの一部を使い、3D機能はおまけでしかなく、平面的な2D描画ができてOfficeソフトが使えれば十分、という程度。

なので、1.0(最低値)という数値が表示されてもおかしくありません。

まあそれでも、Officeソフトで文書作成したり、Web検索したりYoutube動画を見たりといった作業には、それほど問題ないと思います。(それが店員の言う「大丈夫」。)

動画再生でも、全画面でフルHD動画を表示させるときなんかには、カクつきが生じてきたりしないでしょうか。
あるいは3Dゲームなどをしようと思ったら、本来30fpsなどでゲームするはずが、数fps程度の動きでゲームにならなかったりするでしょう。(そもそも最低スペック未満と言われてゲームが起動しないかも)

例えばこちらにグラフィックスカードの性能を調べたグラフがあります。

＞BTOパソコンの新旧グラフィックボードを徹底比較！
＞http://xn--bto-jk4byb3g7j.com/blog/2015/vga2.html

この中で「Intel HDxxxx」ってのが「標準グラフィックス機能」のスコアになります。

内蔵グラフィックス機能は、もう何年も前に発売されたビデオカードにすら遠く及びません。
(まあそもそも3D性能は捨ててるので、3D対応グラフィックスカードとのベンチマーク数値に大きな差が出て当然なのですが。)

インデックス数値が低くたって、自分が使うのに支障なければ、そのまま使って全然かまいません。
何か3Dゲーム等で不満を感じるようになったら改めてビデオカード購入を検討するか、その時はいっそのことパソコン全体を新調した方がいいかもしれませんね。