メーカーから部品のみの購入

既に回答が出ていますが、ダメ元でメーカーに問い合わせてみるのが第一ですね。
後はジャンクや中古をショップやオークションで出品が無いかを探す事くらいですね。

メーカーによってはパーツを扱っているショップがある場合もありますが、ボトムカバーのみとなるとハードルは高いかもしれません。

東京近郊にお住まいでしたら、秋葉原のジャンク屋さん(動作を
保証していないPC、部品取り、自分で修理できる人向けのPC)
に行くと良いでしょう。
必ず見つかるとは断言できませんが、お店を見て回って探します
と同一機種のジャンク品が展示販売されている可能性があります。
秋葉原のジャンク屋さんは秋葉原の中央通りから奥(西側)の通り
に多くあり、土日祝日に開店しているお店もありますので行くなら
土日祝日が良いでしょう。
ジャンク屋さんの例については下のURLをクリックして参考にして
下さい。
このお店の通りにジャンク屋さんが多くあります。
また、この通りに交差している通りにもあります。
なお、カバーのみは無いと思いますので、PCごと購入してカバー
を取り外して利用することになります。
この他、この通りのお店では、OSをWindows10に更新した中古
品も多く展示販売されています。

「QC Pass／アクセス」
http://www.qcpass.co.jp/?page_id=19

https://support.nec-lavie.jp/product-info?prodId=PC-LZ550JS
こちらのPCですか。

修理対応期間について
https://support.nec-lavie.jp/navigate/support/repair/partslimit/
他の方が回答されていますが既に修理対応期間が2019年9月末で終了していますね。

>ノートＰＣ本体裏のボトムカバーのみをメーカーから
>取り寄せは可能ですか？
無理ですね。元々NECの場合は部品のみの取り寄せは行っていないので。
修理対応期間終了直後位なら若しかしたら部品が残っているって可能性があり修理費用さえ出せば特別に修理して貰えるって事はあるかも知れませんが修理対応期間終了から1年以上過ぎているのでメーカーではすでにお使いのPC向けの部品等は処分済みでしょう。

PC-LZ550ＪＳは補修用性能部品の保有期間は終了しています。残念ですが、内部の部品は代替品はありますが、カバーは恐らくないと思います。修理業者からの入手も出来ないと思います。ダメ元でサポートに確認してみてはいかがですか。

修理対応期間について　→　https://support.nec-lavie.jp/navigate/support/repair/partslimit/
PC-LZ550ＪＳh修理対応期間　→　https://support.nec-lavie.jp/navigate/support/repair/partslimit/pdf/lavie.pdf

121コンタクトセンター →　https://support.nec-lavie.jp/121cc
電話サポート予約サービス →　https://support.nec-lavie.jp/reserve-tel/

過去にPCではないですが電機製品で、

市販されてない部品の不具合で製造メーカーに問い合わせしたところ、
自分で交換可能な部品と分かり、送ってもらったことが有ります。

とりあえずメーカーの顧客サービス担当に、直接問い合わせてみるのが手っ取り早いだろうと思いますが、如何でしょうか。