MFC-J6983CDWのトレイの用紙設定ができない

おそらく修理を要する案件かと存じます。

なんらかの形でネットワーク接続してファームウェア更新できれば望みがあるかもしれまんが・・・。

①プリンタ本体の操作パネルにある電源ボタンや中止ボタンを長めに押して電源を切る
②コンセントを抜いて電源を切る
③30分以上放置後、電源を入れ直して再度初期化をやり直す

これでもだめなら修理案件かと存じますので購入後1年以内でしたらメーカー保証が受けられますので、販売店もしくはブラザーコールセンターにお問い合わせされてみてはいかがでしょうか？

>ハード的にリセットする方法とかあるのでしょうか？
そういうスイッチなどは用意されていないのですね。
どうしてもダメなら修理に出すぐらいしかないかも。

まず、機器類（プリンター・PC/スマホ・無線LANルーター等）の再起動をして改善するか確認してみてはいかがでしょうか。

また、Windowsの自動アップデートにより、至る所であらゆる影響を受けている模様です。
今回その影響かどうかはわかりかねますが、付属CDを使用するのではなく、ブラザーホームページよりプリンタードライバーを入れ直す事により改善する可能性があります。一度管理者権限で再インストールしてみてはいかがでしょうか？

・プリンター本体の操作でネットワーク初期化をしてプリンターの電源を切る
　※この時USB接続されている場合は抜いておく
・一旦、プリンタードライバーをアンインストールしてPCを再起動
・以下ページより、フルパッケージダウンロード 【推奨】を選択しダウンロード
・ダウンロードしたフルパッケージドライバーを再インストール
これで症状が改善されるかご確認ください。

改善しなければ以下項目について対処後、再度試してみてはいかがでしょうか？
　※標準ドライバーがインストールされていたらそれも削除
　※同じようなプリンタードライバーを登録していればそれも削除
　※ブラザー公式のアンインストールツールを使用する
　※コントロールパネルでのアンインストールツールを試してみる
　※セキュリティソフトを一時停止する
　※フルパッケージではなく、一つ一つインストールする
　※付属CDを使用してみる
　※高速スタートアップにチェックが入っていたらチェックを外して再起動
　※プリンター本体を購入時状態に初期化する

【インクジェット/レーザー プリンター】(Windows)今まで印刷できていたのに、突然印刷できなくなった
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10255/

Webページからドライバーをインストールする方法
↓↓↓↓↓
https://www.youtube.com/watch?v=V7pUbPDKogU&feature=youtu.be

【インクジェット/レーザー プリンター・スキャナー】ドライバーのアンインストール方法（Windows、macOS）
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10363/

動画で見る！ かんたん無線（Wi-Fi）ガイド
↓↓↓↓↓
https://support.brother.com/g/s/id/wlan_guide/j880/wlan_jp/

ソフトウェアダウンロード
↓↓↓↓↓
https://www.brother.co.jp/download/software/index.aspx

https://support.brother.co.jp/j/b/producttop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw
こちらですね。

プリンタ本体の操作パネルからトレイの設定をしようとしているのでしょうか？

本製品を初期状態に戻す
https://support.brother.co.jp/j/s/support/html/cv_mfc6583cdwa_jpn/doc/manual/index.html#GUID-5D434F10-E0FA-4715-BC9F-19F3A57426C9_403
リセット機能の概要
https://support.brother.co.jp/j/s/support/html/cv_mfc6583cdwa_jpn/doc/manual/index.html#GUID-924EF74C-A0C5-4E81-9B59-927A6966F7AA_404
一度、全設定リセットをして初期設定からやり直してみるとか。