用紙サイズ不一致印刷できない

>パソコンで基本設定していたのに
添付画像のメッセージは、パソコンから送られたデータは
ユーザー定義サイズですが、
実際にプリンターにセットされている用紙サイズとは一致しない
ということになっています。

そもそも質問者様の期待していた正解（パソコンでの印刷用紙サイズ設定）はどのようになることでしたか？
→A4とかはがきとか。少なくとも「ユーザー定義サイズ」ではない？

また、
>パソコンで基本設定していたのに、
というのは具体的にはどのような操作をしたのでしょう？
その際に見たプリンタードライバーの画面は、
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10732
の「ブラザー製オリジナルドライバー」の画面でしたか？
「標準ドライバー」だったのではありませんか？

次に、用紙トレイ（前面）と多目的トレイ（背面）について、
実際にプリンターにセットしている用紙のサイズはどういう状態なのでしょうか。

・一度印刷ジョブを削除
・プリンター＆PCの再起動
・プリンター本体の設定
・プリンター本体のトレイガイド・用紙セット感知のセンサー
・パソコンのプリンタードライバーの設定
[スタート（左下のWindowsマーク）]-[設定]-[デバイス]-[プリンターとスキャナー]-[管理]-[印刷設定]
・印刷時のプリンター印刷設定
・印刷しようとするアプリのページ設定
これらを今一度一致されているかご確認されてみてはいかがでしょうか？
プリンタードライバーのトレイ設定を見直し、通常使うプリンターを他に設定して、また元に戻すと他のソフトも影響してくれると思います。

改善しなければプリンタードライバーを入れ直してみてはいかがでしょうか？

【インクジェット プリンター】(動画)用紙トレイ1にA4用紙をセットする方法
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/13396/

【インクジェット プリンター】「トレイ設定が違います」と表示されました
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10828

【インクジェット プリンター】「用紙サイズが不一致です」または「用紙間違い」と表示されました
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/9290

【インクジェット プリンター】用紙サイズ違いのメッセージが表示され正しいサイズで印刷できません
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10638


ソフトウェアダウンロード
↓↓↓↓↓
https://www.brother.co.jp/download/software/index.aspx


用紙サイズの一覧の一番下にユーザー定義がありますのでクリックしてこちらでサイズを指定してみてはいかがでしょうか？
【インクジェット/レーザー プリンター】任意で用紙サイズを設定したい（ユーザー定義サイズ）
↓↓↓↓↓
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/13496/

【インクジェット プリンター】「トレイ設定が違います」と表示されました
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10828

https://support.brother.co.jp/j/b/producttop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6580cdw
こちらですね。

【インクジェット プリンター】「用紙サイズが不一致です」と表示されました
https://faq.brother.co.jp/app/answers/detail/a_id/10821
あたりを確認してみるとか。