MFC-J6983CDWの印刷がずれて薄くなります

コンピューターからの印刷では異常がないのでは？
コピー時のみの発生ですよね？

>スキャン台のガラス面下のバーが左端まで戻っていないとき
原稿の用紙サイズの誤検知が起きているような印象です。
コピー結果に異常が発生するときは、本などの原稿で、
カバーがしっかり閉まっていないときで、かつ、
用紙サイズ検知を自動にして任せていませんか？

このクラスの機種の原稿サイズ検知機能は、用紙センサーではなく、
スキャンの読み取りセンサー自体を使って用紙幅から推定する方式をとっています。
その際、カバーが大きく開いて遮光がしっかりできていないと、
原稿サイズを正しく検知できず、
誤認した原稿サイズのまま出力用紙サイズに納めようと
縮小や回転処理によって期待する結果が得られないことがあります。
左端まで戻っていない、というのは検知が完了していないと思われます。

おそらくこのためではないかと推定します。
また、コピー操作なので、ファームウェア（本体の制御プログラム）は確実に最新版を更新適用してください。

Windowsからの更新
https://support.brother.co.jp/j/b/downloadend.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw&os=10013&dlid=dlf104651_000&flang=1001&type3=1043
Macからの更新
https://support.brother.co.jp/j/b/downloadend.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw&os=10060&dlid=dlf104932_000&flang=1001&type3=1043

また、大型筐体ですので、しっかりした平坦で強固な台の上に設置していないと、筐体がゆがむことでスキャナーのセンサー稼働不良を招きます。自重で沈んでしまうような素材の上に置いていないかも含めて確認してみてください。

まずはこれらを確認してみることをお勧めします。
それでも正常に動作しない場合は初期不良の可能性を申告してみてください。

https://support.brother.co.jp/j/b/producttop.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw
こちらですね。

プリンタ単体での用紙のコピーやPCなどから原稿台に用紙を置いてスキャンした場合も画像がずれたりするのでしょうか？

印刷結果の色合いが良くないのですが。
https://support.brother.co.jp/j/b/faqend.aspx?c=jp&lang=ja&prod=mfcj6983cdw&faqid=faq00012089_021
を参考に「印刷品質チェックシート」の印刷をしましょう。
それで正常に印刷されるなら少なくともプリンタの印刷機能の異常ではない事はわかります。

>スキャン台のガラス面下のバーが
>左端まで戻っていないときに
>上記の状態になるようにみえます。
スキャナのイメージセンサーが上手く移動せずスキャンが途中で終わってしまうって可能性はないとは言えません。
そのあたりはプリンタ単体での用紙のコピーやPCなどからスキャンした時も画像が切れたりするようだと可能性が高くなります。

>初期不良なのででしょうか？
その可能性もあります。いつ購入されたのでしょう？購入から1～2週間程度ならプリンタを購入したところに問い合わせれば初期不良って事で良品と交換になるかも知れません。