LHR-2BDPU3ESでのクローン結果について

下記の内容で質問があります。回答をいただけると助かります。よろしくお願いします！
▼ご利用の製品
・ご利用の製品タイプ（例：アダプター）
＝＝＝ご記入ください＝＝＝
デュプリケーター

・製品名・型番（例：U2C-AC05BK）
＝＝＝ご記入ください＝＝＝
LHR-2BDPU3ES

・利用端末・OS（例：タブレット・ノートパソコン・モバイルなど）
＝＝＝ご記入ください＝＝＝
windows10

・発生時期（※ご使用できた時期がない場合はその旨、記載ください）
＝＝＝ご記入ください＝＝＝
ここ数日

▼お困りごとの詳細、自分が使っている機器の状況や、表示される内容をお書きください。（例：接続ができない・反応がしない・エラーが発生する）
≪※表示されている画像やスクリーンショットを添付すると伝わりやすくなります！≫
＝＝＝ご記入ください＝＝＝
BDレコーダーのHDDが調子悪くなり換装すべくLGB-2BDPU3ESにて
クローンを作成しました。HDDは同一メーカーの同一型番です。
容量は500Gです。尚若干の不良セクターは有った様ですが、クローン自体は
100%正常に終了しました。　
HxDにて頭から10万セクター程度コピーをとり内容確認の為に、WinMargeで
比較したところ内容が異なる部分が有ります。
当方素人ですので、以下ご教示頂ければ幸いです。
　HDDは同一メーカーの同一型番ですが当然S/Nは異なりますので、
　この違いは理解できますが、その他HDD固有の情報で違いが出る
　セクター数は頭からどの程度でしょうか?
以上
　

※OKWAVEより補足：「エレコム株式会社の製品」についての質問です。