らくぷり３・０印刷が一部しか印刷しない

補足いただきありがとうございます。
Windowsの自動アップデートにより、至る所であらゆる影響を受けている模様です。
今回その影響かどうかはわかりかねますが、付属CDを使用するのではなく、ホームページよりプリンタードライバーを入れ直してみてはいかがでしょうか？
※再インストール時はセキュリティソフトを入れている場合は一旦停止しておいてください。
※Canonに関連するドライバーは全てアンインストールしてください。

ドライバーの削除(アンインストール)
↓↓↓↓↓
https://faq.canon.jp/app/answers/detail/a_id/94947/p/1806/

【インクジェットプリンター】ドライバーのダウンロード方法
↓↓↓↓↓
https://faq.canon.jp/app/answers/detail/a_id/60476/

【インクジェットプリンター】ダウンロードしたプリンタードライバー（MPドライバー）のインストール方法 -Windows-
↓↓↓↓↓
https://faq.canon.jp/app/answers/detail/a_id/35224/p/1806

ソフトウェアダウンロード
↓↓↓↓↓
https://canon.jp/support/software

https://www.elecom.co.jp/rakupuri/
こちらですね。

他の方が回答されていますがブラウザで使うWeb版とPCにインストールして使うインストール版がありますがどちらをお使いでしょう？インストール版なら「らくちんプリント3.0」をアンインストールしてインストールし直して見るとか。

PDF出力
https://www.elecom.co.jp/rakupuri/manual/p29.html
また上記を参考にPDFで保存してAdobe Acrobat Readerなど別のソフトで印刷をして見るとか。

らくちんプリントはWeb版とインストール版があります。

Web版の場合、他のブラウザ（Edge・Chrome・Firefox・Safari等）でも同様な症状でしょうか？

Web上のものを印刷する時であれば、「Ctrl＋Shift＋P」でプリンター選択画面を出し、そこで適切なプリンターを選択することで印刷設定が可能となります。

あとはPDFとして一旦保存し、PDFビューワーソフトから印刷してみてはいかがでしょうか？

PDF印刷では【実際のサイズ】で印刷する必要がありますのでご注意ください。
https://www.fukuiss.co.jp/faq/004/000134.html

インストール版であれば、
・PC再起動
・OSアップデート
・らくちんプリント再インストール
・プリンタードライバーの再インストール

これらをやってみてはいかがでしょうか？