upnp又はIPv6パススルーを許可する設定が無い

>接続はtransixです。
>なので、Ipv6パススルーが必要となります。

IPv6パススルーというのは、PPPoEでIPv4でインターネットに接続しているけどIPv6通信の通信も通したいというときに使うものです。
transixはIPv6接続なのでIPv6パススルーは必要ないんです(元からIPv6でやりとりしているので)
このことはWRC-2533GS2のマニュアルにも書いてあります。
https://www.elecom.co.jp/support/manual/network/wireless-lan/router/wrc-2533gs2/usersmanual/05/#section-6

の「※IPv6・IPoE接続の環境ではこの設定は不要でIPv6サービスをご利用いただけます。」がそれです。

>数日前まではnasのIPv6アドレスを直接指定して接続していました。
>nasのアドレスは変わっていません。（lan内ではIPV6アドレスで接続できます）

「LAN内ではIPv6アドレスで接続できます」ということですが、先頭が fe80 だったりはしませんか？
fe80 から始まるIPv6アドレスはLAN内だけで有効なアドレスですし変わることはないです。

プロバイダとの契約はどうなっていますか？
IPv6で契約しておられるのでしたら、
WANアクセスタイプがtransixでも何らおかしくないです(transixはv6プラスとは別のIPv4 over IPv6の実現方法でプロバイダによってv6プラスなのかtransixなのかまたは別のなのかは変わります)。
またIPv6パススルーはWANにIPv6で接続している場合にはパススルーする必要がないので不要な設定になります。

外部からNASへの接続にはSynology社が提供しているQuickConnectを利用せずにIPv6 アドレスで直接つないでいたりしますか？
ルーターを再起動された際にIPv6アドレスは変わっている可能性がありますのでNASに割り当てられているIPv6アドレスを確認してみてください。

No1です。

補足から、V6プラスを使用されていないということで・・・そうなると、インターネットにアクセス出来ているのも不思議な話ですが、自動判定でtransixが適用されているのは誤判定となります。

一度、手動で、WAN側の設定をインターネットサービスの形態に沿った内容（PPPoE等）を試されてみてはどうでしょうか。

transixではなく、インターネットサービスがPPPoEで提供されているのであれば、そう設定変更することでupnp又はIPv6パススルーは設定項目として有効になるはずです。

参考リンク
https://www.elecom.co.jp/support/manual/network/wireless-lan/router/wrc-2533gs2/usersmanual/04/#section-5__anchor-1

ただ、製品の使用期間はわかりませんが発売からは５年近く経過しており、もし初期化など行っても挙動がおかしいようでしたら故障を疑っても良い時期かと思いますし、Wi-Fiやルーターそのもののセキュリティ更新という意味で買い替えも視野に入れられても良い時期かと思います。

transixが有効の場合、設定項目のIPv6パススルーは有効にならないようです。

https://www.elecom.co.jp/support/manual/network/wireless-lan/router/wrc-2533gs2/usersmanual/04/#section-5__anchor-1

最近、V6プラスを使用するようになったというようなサービス変更を行っていないでしょうか？また、NASの外部接続を使用する場合、IPv6を利用するとのことですが、製品名は何でしょうか？

最近変化があったとのことですので、PPPoEからV6プラス関連へ接続サービスを変更されたかなど、ルーターの外部の変化も合わせて確認をされた方が良いように思います。