Windows 101703,1709でのプチフリ

2年ほど前に自作したPCで困っています。
未だに原因がわからないのでこちらを利用させていただきました。
語彙力のない読みにくい長文で失礼します。

CPU intel i7 6700K
メモリ Team DDR4-2400 8GB*4枚
マザボ MIS　 Z170A Gaming Pro
SSD intel 600p 512GB（NVMe PCIex4、マザボ上のm.2スロットに接続、OSや普段使うソフトウェア用）
HDD WD WD Black 2TB(マザボ上SATA接続、データ用）
グラボ MSI　 GTX960 Gaming4G (PCIex16接続)

主要なパーツはこの通りです
1607から1703にアップグレードするのをきっかけにSSDを現在のものに変ました。また、現在のOSはWindows10 pro 1709、セキュリティソフトはESET Internet Security、ドライバ類はMSIのホームページにある最新のものを使用しています。
メモリチェックやWindows上でのCHKDSK、純正ツールでの診断なども問題ありません。しかし次のような現象で困っています。語彙力がなく読みにくい長文ですいません。

フルHDディスプレイ2枚でのデュアルディスプレイなのですが、いつの間にかデスクトップアイコンの配置が乱れていたり、自分で配置を戻そうとしアイコンをドラッグアンドドロップしても、マウスボタンを離した位置とは違う位置にアイコンが移動してしまうことがあります。これは特にメインディスプレイとサブディスプレイ両方にアイコンを置くとひどいです。自分で移動させた覚えがなくてもdesktop.iniがサブディスプレイの端っこの方まで移動していることがよくあります。
また、この現象で困っている時にサブディスプレイを切断したらメインディスプレイのデスクトップ上でアイコンがルーレットのようにグルグル回りだし操作不能になりました・・・（再起動したら止まっていましたが）

また、Shift押しながら再起動（shutdown.exeの-oオプションや、設定アプリの"PCの起動をカスタマイズする"でも同様）
で詳細起動オプションを表示させても、オプションの選択肢にPCの電源を切るしか表示されません
（本来　続行、ディスクの使用、トラブルシューティング、電源を切る、の4つのはずですが）
これではUEFI設定に入ったりブートデバイスの指定ができないのでWindowsとUEFI上で高速スタートアップを無効にしています。

稀にですがエクスプローラーでPCを表示したとき、接続しているドライブなどはすべて表示されているのにアドレスバーのプログレスバーがゆっくり進んでいき、その時にエクスプローラー上で何か操作をしようとしても、カーソルがビジー状態に変わりプログレスバーが進行しきるまで応答なしになることがあります。（進行しきったら通常通り操作可能です）

そして一番困っていて一番文章で説明しにくい問題なのですが、特に負荷のかかる操作をしていなくても、カーソルの動きがカクついたりしばらく止まったり延長が発生しているときのような動き方をしたりします。（いわゆるプチフリーズですかね・・・）マウスはエレコムのM-H2DLを有線で接続しています。カーソルの動きが止るときは画面の描画も止まっているのですが、プチフリーズ時に動画や音楽を再生していると音が単純に止まるのでなくビーッと伸びる様な感じの乱れ方をします。ストリーミング再生などで回線速度が足りてないときのような止まり方とは全く違います。止まると言うよりか極端にスローで再生しているような状態になって一気に通常の速度に戻るというような感じです。

このような現象は現在のSSDにOSを何回再インストールし直しても同じように発症します。
しかしUbuntuをUSBからLive起動してしばらく使ってみると、カーソルの動きがもたつく事は稀にありましたが音声が乱れるなどのWin10 170X系の様なプチフリは起きませんでした。
そこでSandisk製の64GBのUSBメモリにWindows10　EnterpriseLTSB（バージョン1607）をインストールして、ドライバや普段使っている常駐ソフトウェア類もインストールし、ある程度使ってみましたがこのような問題は発生しませんでした。（さすがに3.0でもアクセスが集中すると応答なしになったりカーソルがもたついたりしますが170X系のようなプチフリはありません。）
7、8時代はESETが原因でトラブルが発生した経験があったので、USBのWin10Enterprise1607上でESETのセキュリティスキャンをしながらVLCメディアプレーヤーでDVDを再生しましたが1度も映像が止まったり音声が乱れることはありませんでした。（メディアプレーヤーが応答なしになって操作不能になっても映像音声は止まりませんでした）

まだ自作歴6年なので見落としている点があるかもしれませんが、IntelSSDの不良または相性、もしくはWindows10 170X系の問題だと思います。
しかし、ググっても私と同じ現象で困っている方は見つけられませんでした。
同じ現象で困っている方や、なにか原因を推測できた方がいましたら是非ご教授ください。

それと現在のBIOSのバージョンが1.4だったので、MSIのページを見たところ新しいBIOS（1.E)があり、アップデート項目にNVMeの互換性向上等と書いてあったので更新しました。しかしプチフリは治りませんでした。それどころか電源を入れてからMSIのロゴが表示されるまでにものすごく時間がかかるようになりました。更新前２秒位だったのが7秒くらいかかります。またm.2スロットは1つしかないのにm.2でRAIDを組むオプションやIntelSerialIO、IntelSGX、セキュリティの項目にTPMなどが追加されました。（初期値ではSerialIOは無効なのですがこの状態でWindows上でドライバをインストールしようとしてもエラーが出ます。項目が追加される前のBIOSののときはインストールできたのですが・・・）今時ファームウェアは最新のものを使えばいいと考えていましたがやはりそういうわけにはいかないのでしょうかね・・・BIOSは以前のバージョンに戻すべきでしょうか。

また、無知な質問で申し訳ありませんが、IntelSerialIOとは何でしょうか。今まで気にせずにドライバをインストールするだけでしたがこの機会にどなたか教えてください。
長文失礼しました。