キーボードを自作したい、またはオーダーメード

結論から言えば、自作しても、実用性は市販の標準キーボードにはかなわないです。
趣味としての自作ですので下記のようにすればいいでしょう。
(1)現在使用しているキーボードの基板を流用して、すべての配線を自作キーボードに組み直す。
この段階では、自作キーボードが動作しても現在のキーボード基板は取り外せませんので使い勝手は悪いです。
(2)上記(1)の自作キーボードで満足できる場合は、自作の基板を作成して自作キーボードに配線する。
以上です。
最初から欲張らずに、10キー部分から自作してみることをおすすめします。
下記サイトのような作業になるでしょう。
「PCBから自作キーボードを作りたい(組み立て編)」
https://marksard.github.io/2018/10/11/make-the-keyboard-from-PCB2/

メカニカルキーをつけられるようなものを一個ずつ自作すれば配置は自由。

https://qiita.com/ogatatsu@github/items/5f43f01d02845c776307

自力で設計までできれば基板から一体で作ることも可能です。これはキーボードじゃ無いけど自分で設計したのを発注した記事。

https://watako-lab.com/2018/08/23/1st_board_design/

必要な経費はすべて負担するから自分の指定する通りのキーボードを一つだけ作ってくれ。
とバファローとかエレコムに電話すればいいでしょう。
凡人の私には100円ショップで買えるガラスのコップを「自分専用に5ミリだけ小さくしてほしい、費用の10万円は出しますから。」と言っているのと同じような気がして、つまり、無駄？ナンセンス？な気がしてしまいますけどね。
ボールペンで誰でも字を書けるのに万年筆のペン先をオーダーメイドする人がいるんだから、お金を持っている人の好き好きなんだろうな、と思います。

ある程度のカスタマイズであれば、WASDという手もあります。
参考
http://www.wasdkeyboards.com/
https://k-tai.watch.impress.co.jp/docs/column/stapa/1133593.html
但し、日本語配列はありません。かなキーが必須の場合はキートップだけかなキー対応のものを別途用意する必要がありますね。
あとはキーの割り付け自体はある程度カスタマイズが可能ですが、Ctrl/Altキー等の大きさは変えられません。

もっとカスタマイズをしたい、となると自作になりますね。
秋葉原にある遊舎工房がその辺の有名どころでしょうか。
参考　https://yushakobo.jp/
下記のASCIIの記事も参考になるでしょう。
https://news.line.me/articles/oa-ascii/eaaf566f414e
自作であればメジャーなのはDZ60という基盤キットを使用する方法です。
参考　https://yushakobo.jp/shop/dz60-rev-3-0-type-c/
これであればある程度キーの大きさ等も選べますが、はんだ付け必須となります。
下記blog等が参考になるかと思われます。
https://www.nenzop.net/entry/keyboard-dz60-build_log
但し、DZ60キットだとテンキーはありませんので、テンキー必須であれば別途テンキー部だけ別のキットを自作する必要があります。

以上、ご参考まで。

ゼロからのオーダーメードだと、金型から作ったりするので数百万円かかりそうです。
イージーオーダーというか、オプションを選ぶような感じでカスタマイズできるものはいくつかありますね。
https://www.diatec.co.jp/shop/kobo/

> Ctrlキー、Altキー、Shiftキーは大きいほうが良い。Deleteキー、BSキーも大きいほうが良い。スペースキーも大きいほうが良い。
は無理だと思います。既製品の中から許容できるものを探すくらいでしょうか。