冊子のデータを一つのPDFで保存したいのですが

＞PDFに保存すると印刷用に表面、裏面と2つのファイルに分かれて
＞保存されてしまいます。

どのようなソフトで保存されているか書いてありませんが、筆まめでしょうか。あいにく筆まめを持っていないので、「表面と裏面に分かれて」ということがよく分かりません。

どのようなソフトであれ、プリンターで、１枚の紙に２頁が印刷できれば、プリンターをPDFが出力できる仮想プリンターにすれば２頁を１枚にまとめた１つのPDFファイルができるはずです。私は、仮想プリンターとして、「Bullzip PDF Printer」を使っています。無料です。

添付図上図は、Word2010で16枚のドキュメントを作り、プリンターを「Bullzip PDF Printer」にして、「2ページ／枚」でPDF出力しようとしています。
結果は添付図下図で、見開き2頁で8頁のPDFができました。

実際に紙に何十頁も印刷することが必要なことがありますが、仮想プリンターでPDF出力できれば、処理が速く、失敗してもファイルを削除すればいいので気が楽です。また、「Bullzip PDF Printer」は追記もできるのでなかなか便利です。

仮想プリンターには「Bullzip PDF Printer」以外にもいろいろあります。
当方、win10、Office2010です。ご参考に。