Windows2000を削除する方法

あんまり参考にならないかもしれませんが、僕も最初はXp Homeを使っていて、Xp proを入れたときに同じことになりました。
そのときはPowerQuest　Partition Magicを使っていっそのこと全部消しちゃってもう一度インストールし直しました。
ちょっと面倒くさいけど、これが一番の方法だと思います。
参考ＵＲＬにパーティションマジックのページを入れておいたので見てください。
ちょっと値段が高いけですが、買っておいて損はないソフトなので購入してみてはいかがでしょうか？

あなたの技量がどのぐらいかわかりませんが
HARD-DISK を真っ白にしましょう
下記参照

別に、パーテーションが分かれてなくても２つOSを入れる事は可能なので削除方法別のも紹介しときますね。

まず、OSの選択はboot.iniに記述されます。
このうち、windows2000を指定している行を消せば、選択画面は現れません。

後はwindows2000のインストールディレクトリを消せば、アプリケーションとかは残っちゃいますがディスク容量は稼げます。

たぶんですが　ドライブが二個有りませんか？CとDと別れていませんか？

　たぶん後に入ったものがDドライブかと思います
　この場合もう一度パーティーションを分け直します

　OSのディスクをドライブに入れて
再起動させます　そうするとOSを読み込みます
　その間中エンターを押します
　その後HDDをどうしますかと出ますから
ドライブのフォーマット出はなくパーティーションを削除するを選択（Dドライブのみ）

　あとはもう一度再インストールの後

　OSが立ち上がったらコントロールパネルから管理ツールへ行き管理ツールへいきディスク管理を選択
　未承認をフォーマットしてDドライブにすれば完了です。