PC98 Ne3/5Windows95起動ディスク

Windowsの非常用起動ディスクから起動させます。
DOSプロンプトのコマンドラインから、以下のように入力します。
Windows95が、Ｃドライブにある場合・・・
C:
CD \WINDOWS
ATTRIB -R -H -S SYSTEM.DAT
ATTRIB -R -H -S SYSTEM.DA0
REN SYSTEM.DAT *.BAD
REN SYSTEM.DAO *.DAT
ATTRIB -R -H -S USER.DAT
ATTRIB -R -H -S USER.DA0
REN USER.DAT *.BAD
REN USER.DA0 *.DAT
以上の操作で、壊れる前のレジストリに戻ったはずです。
もし、これで起動できなければ、対処法は、おそらくないでしょう。

工場出荷時のOSは、

MS-DOS(R)6.2
Microsoft(R)Windows(R)3.1
http://classic.pasocomclub.co.jp/datas/nec_pc9821ne3-ne3_5-nd2-nd2_5.html

ということで、そのあとからWindows 95を入れてあったとして、
Windows 95を入れ直すのが良さそうだね。
これに失敗したら、HDDが壊れてる恐れがある。

CD-ROMからWindows 95を入れるんだったっけ？
（それまでのDOSと比べて、Windows 95インストール時間が長いのを、ユーザーが故障だと勘違いするのを回避するのに、マイクロソフト社はわざとHDDの音を立ててアクセスさせてたように、私には見えた。）

操作は、
CDドライブのドライブレター:
cd win95
setup

例
D:
cd win95
setup
だったかなあ。
http://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/tips/windows/win95setup.html

以下ページの要領で対処してみてはいかがでしょうか？
内容が理解できないようであれば、非常に残念ですが、諦めるのが手っ取り早い方法となります。

http://www.gfd-dennou.org/library/cc-env/tips/windows/win95setup.html

操作は、回復作業内容による。
何をどう回復させたいのか？

起動ディスクと言ってもWindowsが起動する訳ではありません

MS-DOSが起動します

何をしたいのかは分かりませんが
とりあえず
dir c:
と入力してリターンキーを押せばCドライブのフォルダやファイルの一覧が表示されます

cdコマンドでフォルダを移る事が出来ます

目的別コマンド一覧 - DOS/コマンドプロンプト コマンド一覧 - Programming Field
https://www.pg-fl.jp/program/dos/doscmd/index_p.htm