USB機器の増設について

>とりあえず3.0対応のポートには入力機器は接続しないように
して使っていけば大丈夫という理解でよろしいでしょうか？

基本的にはそうですね、後出来るだけ2.0の機器も3.0に接続し
ない方がいいでしょう。

この型番(PC-GV347ZZDY)のPCI Expressボードは2個付けられるようです。
よってUSB3.0の4個口を2つ購入すれば、8個USB機器を新規に取り付けられることになります。

> パソコンにそれほど詳しくないので、できることなら中を開けずに解決したい
ノートパソコンなら、中を開ける時に「爪」を折ったりしますので、少しためらいますが、
デスクトップのしかもセパレート型であれば、何の心配もないと思います。
ボタン電池の交換とか、メモリ増設とか、HDDの交換、CD/DVD/BD-ROMデバイスの交換、
一度やってみれば意外と簡単ですけどね。
今回の場合のPCI Express(X1)ボードについての参考箇所だけを記載しておきます。
ユーザーズマニュアル
基本機能
周辺機器を取り付ける
の項の、「PCI Expressボード」
を見ます。
そこに記載されている「ソフト＆サポートナビゲーター」の検索番号で詳細を見てください。
当方は、PC-VL150LS　を持っていますが、USB3.0の2個口をパソコン購入後すぐにこれを購入して取り付けました。

ノートパソコンとディスクトップパソコンの基本的ハードウェアで大きな相違があることを見逃していますね。

ノートの場合は出来るだけ小型化するために部品間の距離も短くなるように設計されていますが、ディスクトップの場合は色々なデバイスを扱えるようにする構造であるため、部品間の距離が長めになっています。
　この差は、伝達速度の違いとして大きく表れてきますので、ディスクトップはノートパソコンに比較して処理速度に不利になる。

従い、ノートでは外付け機器の認識が早くなります。しかしディスクトップでは遅くなります、この差を意識してデバイスドライバーが設計されている訳でなく、認識の取りこぼしが発生します。
　従い部品間の距離はギガレベルでのアクセスになるので、距離力短い方がいいのです。

この性質を無視してノートパソコンと比較何てナンセンス。

外付けＨＤＤをＵＳＢ接続するのではなく、NAS接続とすることでＵＳＢポートの使用を少なく対処できます。ＵＳＢポートをネット接続にするためのアクセスポイント機器も販売されているのでWeb検索で調べるといい。

無線マウスは、Bluetoothなどで接続することでUSBポートをつぶさずに接続可能ではと考えます。高速データ転送の必要でないがインタフェースとして重要な、キーボードなどは、USB2.0のポートを利用することが必要。

IntelのUSBコントローラは内部でHUBを設けて1コントローラ
につき2ポートになっているので、同じ系統のポートに同じ通
信方向の機器を2台つけて通信すると待ち時間が発生します。

更に、ここ5世代全部のコントローラに設計不良で下位互換や
通常の使用において多くの問題を引き起こしているので、挿す
場所に注意が必要です。

例えば3.0のポートにデータを転送し続ける機器を接続し、同
じコントローラに接続されている他のポートに1.1の速度で転
送する入力機器(マウス、キーボード)を接続すると、入力した
時点のデータが飛んだり機器を見失う事があったり、

3.0のポートに2.0の機器を挿して認識失敗すると、BIOSを更新
するまで3.0のポートが全部死ぬ問題が8シリーズチップセット
にはあります。

IntelのUSB3.0のポートには入力機器を挿さないで下さい、1.1の
速度でしか通信していないので意味がないのと、下位互換に問題
を抱えていて問題が出るので


まずは接続数を減らす事が一番なので、ストレージを(SSD,HDD)
を裸族の集合住宅5Bay SATA6G USB3.0＆eSATA Ver.2等の複数
搭載できるストレージケースに入れ替えて3.0に直繋ぎする。
(ケースを接続しているポートと同じコントローラのポートには他
の機器を接続しない)

もう一つの3.0のコントローラのポートにハードウェアキーをH
UB等で挿しておく。

PS/2の接続端子があるので、可能なら通常のキーボードはそちら
を使う、MIDIキーボードは2.0のポートに挿して下さい。

同時に複数のMIDIキーボードを使用する場合は同じコントローラ
可のポートに挿すとバッティングして遅延が発生するか、どちら
かの入力が消える可能性があるので、別々のコントローラのポー
トにそれぞれ接続して下さい。

マウスは2.0の方にHUBで接続を。

注意点は以下な感じです。
1:データを通信し続ける機器と入力機器を同じ系統に接続しない。
2:機器の通信方向に気を付ける。(マウス、キーボードは入力、ス
トレージは双方向)
3:ポートの組み合わせを気を付ける。


上記の事をしても機器を増やせない場合はUSB増設ボードを挿す
事も考えた方が良いかもしれません。

回答＃1です。
＞ただ、ノートパソコンでさえバスパワーのハブでHDDを5台増設してもサクサク動くのに、デスクトップの基本スペックがこんなものなのだとしたらちょっと納得できない、という気持ちがあり、もしかしたら設定等の変更で解決できる問題なのかなと思ったのですが、そうではないですか？

USB3.0にはコントローラーと機器間のマッチングに問題がある場合があって
接続が切れることがあります。
転送速度を犠牲にして2.0で、すべてつなげばそんなこともないと
思いますが、
3.0の機器、コネクタ間で認識を確認してその他の分配方法を考えればいいのではないですか。