HDDからSSDへの改装方法とクリーンインストール手順

確認ですが、LenovoのThinkPad L540でしょうか?
IdeaPad S540とかでは無いですか?

L540は第4世代のCPUを搭載したノートパソコンでM.2コネクタはありません。

LenovoのL540でしょうか。

確実にクリーンインストールがご希望なら、別途Windows10のご購入が必要です。

MicrosoftのWindowsとしてのクリーンインストールではありませんが、以下はLenovoからのパソコンを元の状態(リカバリーまたは再セットアップ)にするためのメディアの入手と作成方法がまとめられています。
https://support.lenovo.com/nz/ja/solutions/ht035659
折りたたまれていますので、
【リカバリーメディアの入手方法は、デジタル・ダウンロード (ファイルをダウンロードして、ユーザーがリカバリーメディアUSB を作成する)、またはUSB リカバリーキー (Lenovoからユーザーに送付)】
【Windows でリカバリーメディアを作成する、または Lenovo OneKey Recoveryを利用するには】
これらをタップまたはクリックして展開してください。
正確な意味合いからすると、クリーンインストールではないですが、それに近い環境となります。

どうしてもクリーンインストールに拘るということでしたら、Windows10インストールメディアを別途入手します。ただ、この場合はL540のデバイスドライバが正しくインストールされない可能性がありますので、以下からダウンロードしておくと良いです。
https://pcsupport.lenovo.com/us/ja/products/laptops-and-netbooks/thinkpad-l-series-laptops/thinkpad-l540/downloads/driver-list/

Lenovoからクリーンインストールについての公開情報もあります。
https://support.lenovo.com/jp/ja/solutions/ht103617-clean-install-of-windows-10-on-thinkpad-and-lenovo-lavie-computers

※
MicrosoftのWindows10のインストールメディアについては、Googleなどで以下のキーワードで検索してみてください。
Windows10 インストールメディア
私の見た印象では、ネットセキュリティブログの記事が見やすいように感じました。(たまに、URLが禁止ワードとなり書き込みできないことがあります。この記事はその可能性を感じたため、念のため検索をお願いしています。)

※
Windowsのインストールでは、プロダクトキーという文字列の入力が必須でしたが、Windows8からパソコンにプロダクトキーを組み込み、インストール時それを自動的に読み出すような仕組みに変わりました。これはMicrosoftだけでなくパソコンメーカーのおかげでもあります。
Lenovoさんが提供するリカバリーメディアや、L540で作成リカバリーメディアなら、問題なく組み込まれたプロダクトキーを読み出してインストール継続はできるはずですが、MicrosoftのWindows10インストールメディアで、正しく読み取れるかは別な問題となります。
組み込まれたプロダクトキーの読み出しができなかったり、(読み出せるかどうかは未確認ですが)組み込みされたプロダクトキーを読み出してインストール時に手入力してもエラーとなり受け付けない可能性もあります。

>>１、Windows10をSSDにクリーンインストールする手順方法を教えてください。
>>２、インストールメディ（DVD)の作成の仕方を教えてください。

すでにご案内した内容から、ご覧いただけると思います。念のためリカバリーについてのご案内もいたしました。

>>３、クリーンインストールは既にインストール済のプログラムやアプリは維持されますか？色々なネット情報を見たのですが解釈違う気がします。

維持されません。(それぞれの記事の解説などは省略いたします)　クリーンインストールとは、MicrosoftのWindowsがインストールされることを意味します。メーカー製のWindowsインストールメディアではありませんから、デバイスドライバも後で手動にてインストールする必要があるくらいです。メーカー製パソコンには多数のプログラムやアプリがインストールされていますが、クリーンインストールはそれらが無いシンプルな環境にする目的があります。そしてメーカー製のインストールメディアでも、全てのプログラムやアプリがインストールされるわけではありません。別途にインストールが必須なものもあります。

※
クリーンインストールが質問主さんの期待したものかどうかや、質問主さんがなさりたいことを見直すと良さそうです。もしインストールされたプログラムやアプリを維持したいなら、クリーンインストールでもリカバリーでもないです。
クリーンインストールでもリカバリーでも必要に応じて、プログラムやアプリもインストールし直すとご理解ください。

以上、参考にならなかったらごめんなさい。

1．HDDにインストールするのと同じ手順です。何の変わりもありません。念のため、CドライブのHDDは取り外しておいた方がいいです。

2．下記で作れます。
https://www.microsoft.com/ja-jp/software-download/windows10

3．クリーンインストールは真っ新な（何も入っていない）デバイス（HDDもしくはSSD）にWindowsをインストールすることです。既にインストール済のプログラムやアプリがあれば、インストール手順中のフォーマットで消去されます。ですから影響は受けません。影響を受けるようなインストールはクリーンインストールとは言いません。

Windws10のライセンスを購入する、HDDとSSD両方にWindowsを入れるということですよね、その場合2ライセンスが必要です。
Windowsインストールメデイアの作成（USBメモリ８GB以上）
https://www.microsoft.com/ja-jp/software-download/windows10
で「ツールを今すぐダウンロード」からインストールUSBを作成。
３に関しては、クリーンインストールですから（すべて初期状態だからクリーンなのですWindowsしかありませんが）プログラムやアプリは初期状態にはありませんのでそれは無理です、また設定も初期状態なので、全て設定をする必要があります無論デバイスドライバーもです。

下記利用出来ないかな。
https://www.aomei.jp/backup-software/ab-standard.html

俺は無料版でHDDからSSDにクロンしてSSDをCドライブでHDDは使わずにWIN10を起動している。
BIOSで
１ CD/DVD
2 SSD
3 USB
の起動優先順位にしたが。

HDDからM.2のSSDは分からないけど
クロンかシステムのコピ－で良いのか分からないが。
BIOS設定でSSDを上位にすればSSDからの起動に成るのでは>